現在，1997年初，一個是54％民選總統，一個是掌握政治實力的外省權貴，由於對台灣民主化改革存有改革者與被改革者的歷史使命的矛盾；又由於李登輝總統的念舊與憨厚，以及對宋楚瑜自己說的、虛假的情同父子的情懷，在面臨攤牌的時刻，李總統要怎麼辦呢？
李總統做出偉大的抉擇：公爾忘私！據輾轉得到的內幕消息指出：1997年1月中，李總統接見宋省長時，希望宋省長協助精省的工作，等任期屆滿（1999年初）再行調整其職務。李總統所指的調整職務、應是請宋省長出任行政院長的意思。不料，宋楚瑜先生的自尊似乎受到傷害了，不但高分貝砲打中央及財政部，與蘇志誠逞口舌之辯，而且以省府為中心，暗地裡形成反凍省修憲聯盟，以對抗李登輝總統的凍省修憲行動。
在1997年春這樣一個劍拔弩張的時刻，5月底我因在輔大上課之便，又邀請即將赴美進修的張榮豐到校園散步，希望知道李總統究竟要如何應變。沒想到只有一句話：李總統交代我們一定對宋楚瑜要非常忍讓！
我個人一直認為宋楚瑜太不瞭解李總統的個性，以至於步步錯著。如果他能稍行克制，局面就不至於那麼僵！也就在5月中，彰化縣農會總幹事張正義兄邀我回到彰化，兩人一同去高爾夫球場打十八洞。一向待我很友善的正義兄，希望我向李總統轉達雙方紓緩緊張氣氛的意思，俾將來若要改善彼此關係時有較大的迴旋空間。
宋楚瑜可能也知道蔡吉源這個人。1996年中，賴英照升任副省長時，他推荐蔡吉源出任財政廳長。我的履歷、自傳及許多篇論文都呈送宋省長辦公室供參考。可能因為我主張凍省而不了了之。
1997年6、7、8三個月，正是凍省修憲成敗的關鍵時刻。6月18日我陪同紐約州大前校長Clifford D. Clark、劉榮超教授、黃鏡如教授晉見李總統，李總統顯得消瘦，氣色也不若往常紅潤，顯然是為反凍省修憲的杯葛十分煩心。劉老師和Clark藉來台北參加6月20日的學術會議之便，希望與李總統敘敘舊，但卻不得其門而入。州大的學弟陳俊秀得知我與李總統有師生關係，告訴我這件事，我乃要求所有申請晉見之中英文文件供參考，然後逕自傳真給蘇志誠先生，轉呈李總統決定是否接見Clark等人。我判斷李總統一定樂於接見Clark，只是總統府內部一直在進行反李行動，凡是李總統所想做的最好都不要做，孤立他、癱瘓他。而接見Clark校長等人恰似為李總統開一扇窗，不但可以提高他的能見度，也可以提高他的聲望。果然不錯，李總統下條子說希望6月18日下午接見Clark校長等一行人，我則在陪同之列。
在6月18日之前，為了凍省修憲，國民黨與民進黨各派代表進行政黨協商。若沒記錯，蕭萬長、吳伯雄等代表國民黨，張俊宏、姚嘉文等代表民進黨。歧見可能很多，一時很難達成共識。民進黨主席許信良的一個摯友許先生，竟找到我代為傳達民進黨的內部共識給李總統。我只好嘗試去扮演這種檯面下溝通的角色。6月18日我在陪同晉見李總統之前，即準備一張對李總統有所建議的條陳，打算趁隙交給李總統參考。
不料，李總統進入會客廳內時，丁懋時先生緊隨在側，而大門又站立文武官員各一位。 卅分鐘的會面都在討論Kuznets與Uzawa的經濟發展理論。李總統與Clark校長談興很濃，我則如坐針氈，感覺到李總統很沒自由！劉榮超老師、黃鏡如教授和我，根本都沒有機會與李總統對話，只是在李總統進來時，與大家握手說哈囉。輪到與我握手時，他問: 「你還在中央研究院嗎」？我答: 「是的！老師」。我把「老師」兩字的音量提高些，讓緊緊跟隨的丁懋時知道我沒有稱李登輝為總統。
此時政黨協商已有四次談判破裂的記錄，形勢非常急迫，姚嘉文特別約我長談。不得已，我遂於6月23日、24日、分別傳真兩封信給曾永賢先生，請他以極機密、急速件，送給李總統參考。第二封信如次:
『總統鈞鑒：
自六月初黨對黨修憲協商以來，已有四次協商破裂的記錄。反凍省反修憲勢力結合固然形成一股阻力，然而，也令社會大眾認識到事實的真相，對 鈞座之同情期望轉化為絕對的支持。反凍省反修憲集團終將在 鈞座堅持之下成為泡沫。因此，民進黨菁英無不體認深刻以全力配合 鈞座為職志。近日，有部分民進黨菁英一再向生吐露誠意與心聲，願為憲政改革而盡釋前嫌。其重點略如下列所述：
１、 民進黨中央主流派人士（許信良、姚嘉文、張俊宏等）堅決支持鈞座就國發會共識範圍內之修憲主張。咸盼 鈞座給予定義明確之修憲主張（不可語意模糊，似精簡省府）。民進黨中央絕對有信心將黨內雜音及亂流壓制下去。
２、 修憲若失敗，最大的輸家是台灣社會大眾及 鈞座的聲望。因此 鈞座切宜儘快明確公開民進黨可以接受的，國民黨應可讓步的協商底線。必要時由黨之大老邱創煥先生擔綱主持協商大計，以降低中生代（連宋、吳蕭等）尖銳的對立，避免 鈞座直接面對各種不合情理的責難。
３、 鈞座為求修憲成功，應主動召見民進黨憲改協商小組成員（而非國大黨團而已）。若然民進黨中央也將投桃報李，拜會執政黨中央，俾盡快達成共識。
4月以來，生感受政治變局對 鈞座不利，因而極盼有晉見恩師的機會，曾面告安妮反應，迄無音訊。如今事急，謹以此函傳達所見所聞所思，提供恩師卓參。又：許信良貼身人士一再表達私下溝通管道建立的迫切性而又對恩師身邊的體制內人士「不放心」。究應如何因應，敬請下達指示。 匆此
敬頌
政躬康泰
生 蔡吉源 敬上
1997年6月24日』
1997年8月下旬，終完成凍省修憲工作，確定自1999年1月1日起，省政府變成行政院的派出機構。為了化解宋省長反對凍省修憲的杯葛力量，李登輝總統瘦了七公斤。由於李總統對台灣民主化改革的堅持，很不得已痛苦地與宋楚瑜先生就這樣地分道揚鑣了！
9月，蕭萬長先生受命組閣，我的履歷表被轉送蕭先生手中。據張榮豐兄說，李、蕭之間已經達成共識，將邀請我擔任財政部政務次長。後來，因為連戰先生以總統大選在即，內閣以安定為要，否決此一人事佈局，我就因而與該一職務二度擦身而過。
幸而，我沒有去擔任財政部政務次長，使我在1998年中有一次赴美，考察彼邦財產課稅制度的機會而擴大視野，又於1999年3月出任桃園縣政府財政局長，廣泛接觸地方政治人物與基層民眾，而有比政務次長更深刻瞭解基層問題的機會。
七、西線無戰事，2000李登輝為何急流勇退？
1998年7月2日，蔣彥士病逝。
1999年7月 9日，李登輝公開提出兩岸兩中特殊的國與國關係，簡稱為兩國論。李老師接受德國之聲總裁Dieter Weirich、德國之聲亞洲部主任Gunter Knabe與德國之聲記者Simone de Manso錄影專訪時，提出的一個關於海峽兩岸關係現狀的主張。這些來自德國之聲的媒體人，問他「宣佈台灣獨立」與「一國兩制」之間，是否有折衷的方案？李登輝答：「中華民國從1912年建立以來，一直都是主權獨立的國家，又在1991年修憲時，定位兩岸兩個中國的關係是特殊的國與國關係，所以並沒有再宣布台灣獨立的必要。」 這一段充滿矛盾的文字，來自1998年8月，李登輝成立『強化中華民國主權國家地位』小組，聘任蔡英文為研究計畫主持人，召集多位年輕法政學者參與研究。研究的主要方向是『中華民國主權如何與一個中國脫鉤』，研究報告於1999年5月完成。這篇報告，在前言中以歷次修憲來論述中華民國自成一個主權國家的法理基礎，並提出一步一步該如何實現維護台灣主權的整套計劃，包括修憲、修法與廢除國統綱領。這個主張並未脫離「一個中國」和中華民國非法治臺灣的國際法法理現狀。實際上，這樣的主張是要中華民國在台灣獨立建國，根本沾不上台灣獨立建國的邊。不過，此一錯誤的定調有利於民主進步黨執政時，代表中華民國政府，通過台灣前途決議文，認台灣為主權獨立的國家，國名為中華民國。
總之李總統錯用蔡英文研究報告不切實際的結論。是後來他主張「正名制憲」，陳水扁主張「一邊一國」，與蔡英文主張「中華民國等於台灣」的張本。直到2005年，李登輝老師才知道只有國際法法理才能使台灣脫離中華民國和中國的羈絆。但是，他錯誤的「正名制憲獨立建國」主張已經深入人心，自尊心強烈的李老師，不便公開承認錯誤說出真相與實話，只好帶著苦悶而生，又帶著苦悶離開人間。
話說蔣彥士逝世（1998.7.2），宋楚瑜省長下台（1999.1.1），李登輝老師改革的障礙顯著的減少了！我認為民進黨還沒有準備好執政的能力，而力勸他支持連宋配，若連宋不能合作，他就應該繼續參加2000年的總統選舉，改革才能順利進行。事與願違。連宋勢如水火，許信良錯失參選機會，讓陳水扁強渡關山。
李登輝時代就在2020年5月20日那一天，劃上休止符！
但是，我和James都有一個疑問: 為何李登輝老師在連戰318敗選後，於2000年3月21日，急流勇退，辭去國民黨黨主席？
《李登輝執政告白實錄》（印刻出版社）書封。圖／擷自博客來網站
在李登輝（2001）《李登輝執政告白實錄》（印刻出版社）一書裡寫道: 他提前把黨主席交出去，沒有一點衝動的成分，他很仔細的思前想後，把一一交棒的理由寫下來，紙條上面潦草地寫著三項辭職的理由，第一、現在已經沒有辦法再利用國民黨進行任何改革；第二、不需要再忍受「石磨心」的痛苦；第三，今後應該超越對立的格局為人處世。
書中寫到，去（2000）年318總統大選敗選後，李老師察覺到一個奇怪的現象，選後已經三天，包圍中央黨部的群眾未散，為何連戰遲遲沒有前來探望？李老師實在忍不住，就主動打了一通電話給連戰，要他到家裡來談談。3月21日上午，李老師曾當面問連戰，他是否該辭黨主席，連戰面無表情的回答說，「應該辭」；李老師又問，「你看我應該早點辭，還是晚一點辭」，連戰說，「應該愈快愈好」。
2000年3月21日，對李老師來說，一直無法釋懷的是: 提拔十多年，一心一意以其為接班人的部屬，對他做出最無情的痛擊。李登輝真正遺憾的是「棄連保扁」的不實謠言。其他人誤解，他毫不在意，連戰竟然也持相同看法，並以此要他盡快辭職，才是令他無法接受的事實。
5月20日後，台大經濟研究所同學們，力促正在擔任桃園縣政府財政局長的我，代表同學就近去探望關懷李登輝老師。8月2日，師生在大溪鴻禧山莊促膝長談。李老師認為我應該在陳水扁政權裡覓一官職，最好是出任財政部長，才能為台灣做更多更大的改革。我以與陳水扁沒有淵源，呂秀蓮又沒有推薦人才的權力，認為機會不大。
2000年10月15日，我提前辭官離開桃園縣政府，歸建中央研究院，繼續鼓吹改革，筆鋒犀利，筆力四射。我痛責土地稅制不良、稅捐負擔不公、金融制度落伍、台幣幣值高估、加上各種管制（regulation）太過嚴苛等，都讓經濟展成果橫遭特權階級啃食，違反公平正義原則，應該大刀闊斧改革。
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