為了結合海洋保育與漁業永續發展，近年來台灣各地四處辦理魚苗放流，政府也始終視魚苗放流為回復資源和增產的關鍵手段，多年來編列相當經費投入魚苗放流工作，但是台灣沿近海域漁業資源持續枯竭中，如澎湖開放捕撈馬糞海膽後的第一天，卻發現海底的海膽數量已幾近絕跡！已有愈來愈多的研究顯示，無意識的水產養殖作業方式及不當將人工魚苗放流至大自然，反而會造成生態失衡，需重新審視。
以國內重要放流魚種的黑鯛為例，從2002年至2011年政府共累計放流744萬尾黑鯛。所放流種苗多透過民間私人繁養殖場競標，種魚來源及遺傳資訊不明，放流魚苗前只粗略檢查兩種病毒反應(忽略細菌、真菌、寄生蟲等其他微生物)及四種藥物殘留，加上缺乏完善的中間育成訓練，致經常發生放流魚苗大量死亡及將台灣本島的水產生物放流至金門、馬祖離島，淡水物種放流至海水的離譜現象，人工魚苗放流地點甚至成為釣客眼中的最佳釣場，放流成為一種政績宣傳。
不僅政府如此，台灣民間亦盛行宗教放生以積功德，遭生態保育與動物保護人士團體的撻伐，主要原因在於：
(1)商業化的放生未經嚴格篩選，只是鼓勵額外供給食用魚市場的繁養殖行為，並未如宗教團體所預期的能護生。
(2)在放生過程因為搬運造成動物緊迫與傷害加上放流程序粗糙，放生猶如放死。
(3)大量放生生物造成原生生物群聚改變，破壞遺傳與物種多樣性，與永續利用與保育漁業資源背道而馳，有必要予以嚴格規範。
日本廣島灣在1980年代曾一度盛行放流黑鯛，但1990年後逐年遞減，2009年以後明文禁止黑鯛放流，甚至反過頭來設法一舉殲滅之。原因在於日本研究者發現：由於超限大量放流人工黑鯛種苗，凌駕廣島灣的黑鯛環境承載量，1990年代後半廣島灣充斥黑鯛，導致魚價低迷、漁民棄捕，惡性循環更導致黑鯛數量龐大。
黑鯛為了爭奪食物和棲地，大量啃食養殖於日本廣島灣的牡蠣（日本廣島灣的著名名產），廣島灣黑鯛從此揹上害魚(pest)的罵名，日本政府甚至出資獎勵提供杜絕黑鯛的良方與點子。而台灣政府沒有找出歷年黑鯛放流失敗的原因，年復一年因循舊法持續放流，無助於資源護育。未來放流應改為實施基於生態觀點的預警原則，行滾動式資源管理。從傳統一味滿足漁業產量的需求，轉變成強調水生生態系統保護和可持續提供海鮮給下一世代的新水產資源管理模式，改變以人工放流補充消失的漁業資源管理的傳統窠臼。
造成台灣近海漁業資源衰退的因素很多，僅憑人工放流並無法實現資源恢復的目標。尤其在對放流物種生物、生態學特性瞭解不夠充分的情況下，盲目實施人工增殖放流，無異緣木求魚徒勞無功。須因地制宜，制定並實施與人工放流配套的相應管理措施才能發揮其應有的功效；更不可以為了追求人工放流可能產生的經濟效益，而破壞水域環境和生態系統平衡。這些或許是政府與民間團體在推動漁業資源養護需要深入思考的課題。
