雖然眼睛看不到，我們毎一個人的身上充滿着微生物，分佈在身體每一個角落。它的總重量只有約2公斤，相較於人的體重約70公斤，似乎無足輕重。但是一個人身上的微生物有100 trillion細胞，是人細胞（10 trillion）的10倍；有200萬到2000萬基因，是人基因（2萬）的100倍以上。人體微生物的種類（species）以前以為是數百種，現在有人估計可能有一萬種。
人類的開始就有微生物的存在和影響，二者互相依賴，互相共存，互相貢献。我們現在身上的微生物，是經過億萬年自然選擇而形成的。
這樣說來我們算是人或是微生物體？或是由人和微生物共同組成的超生物（superorganism）？
微生物體（microbiome）是指微生物在一個地方集結所形成的小生態社區（mini-ecosystem）。人的微生物體是由共生在人體的symbiotic，commensal和pathogenic細菌（再加上fungi和viruses）所構成。分佈在較小範圍的微生物群就叫做microbiota，例如skin microbiota，oral microbiota，vaginal microbiota，gut microbiota （gut flora）。
胎兒出生前几乎是無菌狀態，經過產道時首次接受母親的微生物。剖腹生產的嬰兒接受不同的菌種。母乳也供應不同的菌種。接近土壤，動物，環境也會接受到不同的益菌種。
根据Rob Knight教授（加州大學，聖地牙哥）的說法，人的基因99.99％都相同，但是人的微生物體只有10％相同。他說要猜測一個肥胖症的人，分析這個人的基因只有60％的準確性，但是分析微生物的基因可以有90％的準確性。移植肥胖症人的大腸微生物，可使無菌狀態長大的老鼠变成肥胖症。移植健康人的大腸微生物（大便移植fecal transplant），已顯示可以治療某些疾病。可見微生物體對人的重要性。
微生物分佈於人體全身，但是以大腸最多。從那裡，它用化學傳達物質，或神經系統，影響人體的生理和心理作用。它的主要食物是人體無法消化的resistant fiber（抗性纖維）。
1.微生物體的有如下的重要功能
・供應一個人6～10％的熱量。
・產生短鏈脂肪酸，（SCFAs），如acetic acids，propionic acids，butyric acids等，是大腸壁（lining）的營養物，得以限制身體發炎。
・產生荷爾蒙，維他命（B6，Bl2，K，葉酸，等），和glutathione等物質。
・構成 enteric neuro-system （ENS），製造全身90％的serotonin，50％ 的dopamine。
・影響肥胖症，食慾控制。
・影響免疫系統host immune system。
・影響新陳代謝host metabolism。
2.微生物菌種多樣性（microbiome diversity）
如果微生物體得不到適當的營養，不但會以大腸粘膜為食料，而且生存受到影響，菌種就會減少，擾亂平衡，降低其對人體的保護和對有害細菌的抵抗力。
低菌種的人可能會：
・增加脂肪（肥胖）
・提高血液中循環的胆固醇
・提高三酸甘油脂
・提高因素林抗性
・提高自由脂肪酸
・提高血液中白血球
・降低HDL
3.影響菌種的因素
為了維持人體的健康，我們必需保護微生物體，飲食要顧及到它們的需要，尤其是澱粉纖維等物質。事實上，從20萬年前的狩臘/收集的時代，經過了l萬年前的農業革命，400年前的工業革命，和近100年的食物加工精製技術的發展，人類的飲食、生活習慣不斷地改變。例如舊石器時代的人每天攝取100g以上的纖維，但是現代美國人攝取約15-25g，比衛生當局推薦的每天35-45g（RDA）還要少。
大量使用抗生素、殺菌劑，過於清潔的環境，使人體的微生物體難於生存，菌種一直在大副地降低。抗生素，殺菌劑等物質用以治療疾病，提高公共衛生效果。但是一般社會普遍濫用，尤其是食用動物生產業者大量使用，也是微生物體銳減的一個重要原因。
4.不健康的微生物體
當微生物體受擾亂時，例如身體某部份，口腔或腸等的正常微生物生態發生不健康的改変，而導致dysbiosis（微生物體不平衡），包括lBS，SlBO，SlMO等情况，就會：
・影響營養分吸收
・胰臟功能
・腸漏gut permeability（leaky gut），使不當的食物漏入腸內，產生免疫作用，引起發炎。（activation of immune system，inflammation）
5.健康的微生物體
・維持體內原有微生物的平衡：好的飲食/生活習慣（如膳食纖維、寡糖等能夠被微生物利用而產生酸性的有机物質）可以提供最直接的能量來源，使腸道維持酸性環境，促進微生物體生長，抑制壞菌數量，維持免疫屏障不被破壤壞，對於人體的免疫机能有所助益。這類食物就叫做prebiotics（益菌生，益生素，益生元）。
・補充可以促進腸道菌種平衡，增加宿主健康效益的活微生物（益生菌），主要的菌包括乳酸菌和一些酵母菌。通常可以服用製劑，或從發酵食物，如納豆（natto）、丹貝（tempeh）、味噌、韓式泡菜（kimchi），德國酸菜（sauerkraut）…等攝取。這類食物就叫做probiotics（益生菌）。但是這種菌種無法成為永久居留的菌，所以要繼續補充。
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