在我擔任衛生局長任內，還有一件很要緊的事，發生在我取締不法藥商的過程。眾所周知，台灣有很多虛偽不實的醫藥廣告或食品廣告，雖然食品廠或藥廠有很多守規矩、有良心做好的產品，但也有很多不守規矩的藥商或食品商，會做假藥甚至不好的食品影響別人的健康。行政單位本來就是要一方面教育，另方面要取締不法才能保護人民的健康。但實際上過去的衛生行政單位都不太敢取締，因為不好的藥商背後常牽扯很大的不法利益，甚至有很多黑社會介入其中，民代有時還會與不法廠商「勾結」並施壓行政單位，甚至恐嚇醫藥衛生行政工作人員。
其實我在我擔任衛生局長之前，並不知問題這麼嚴重。我們過去期待政權「輪替」，國民黨做不好，換民進黨做看看，但換民進黨若做的事和國民黨一樣，這樣「輪替」就沒有意義了。我當時認為既然民進黨執政，謝長廷市長邀我回來擔任局長，我們應該要比過去做得更好，更加認真來守護我們市民的健康。所以我要食品衛生科、藥政科要注意並嚴格取締不法、虛偽與不實的廣告。甚至要循「訊」追查不法的製造來源。有次還針對一個不法廠商連開了13張罰單。在開罰的過程，就有很多議員來關說並施壓給行政工作人員，甚至，最後連議長都出面。當科長問我，我都主張要開罰單，因為這是我們公務人員的責任，我們若無法守護市民的健康，我們就有愧於職責。
取締不法藥商遭暴力攻擊
當衛生局罰單續開，這不法的廠商認為無法關說或施壓給我這個局長，所以他們開始用暴力方式。起先是我的科長被不明人士圍毆，我知道該科長是老實善良的人，也無私人財物或感情糾紛，我當時就懷疑是因為取締不法藥商所引起。所以，我召集衛生局工作人員，向他們表明「不要怕，我們要有勇氣繼續堅持」，不能因遇到壓力就不敢取締。我們若無執行公權力，就無法保住市民健康，我們就有愧公務員職責。並告訴他們「假使你們遇到嚴重問題，就請他們來找局長」！我認為自己身為局長就要承擔所有責任。可能這些話傳到不法廠商，所以他們找黑道收買兇手來攻擊我，事後獲悉那個兇手過去有殺人前科，才剛假釋出獄。
事情發生的時候，我毫無防備。我相信那個不法集團應該已經觀察我有半年，他們掌握我下班的動線與日常生活習性，那時候市府局處首長宿舍是在離愛河邊不遠的自強路附近，他們發現我下班回宿舍，在晚餐後都會去愛河邊散步。2002年6月17日，我同樣在晚餐後到愛河散步，發現有好幾個黑衣人在附近，當時，我沒有想到他們是要來殺我。等我散步完，沿著國賓飯店旁的巷子要走回宿舍時，那些黑衣人突然圍過來，完全沒講半句話就開始動手殺我！黑衣人戴著「手指虎刀」攻擊我頭部，血濺噴出，整件白上衣全染紅，他們應該想要致我於死地，我跑入國賓飯店旁的大樓，兇手們一路狂追我到門口看見管理員後才止步。
這件攻擊我的事情引起媒體大幅報導，我並未與人有任何恩怨，且個人生活簡單，除了上下班外，很少在外應酬。因此，我認為一定是取締不法廠商，先有攻擊科長，後隨即再攻擊我這個局長。我向刑大提供線索，但是刑大花一個月還是無法破案。
一個月後，我接到當時擔任立委的王幸男來電話說：「永興，你知道那案子是誰做的嗎？」他講出一個人的名字。因為王家也是開藥廠，他說台灣藥廠界哪些是製造假藥，許多藥廠的底細他大抵都知道。他說那個人過去在台南也曾有教唆攻擊的案子，他也曾找被害人去報案，但因該廠商和警政單位，甚至警政首長關係都很好，且選舉時也會贊助投資民代，所以民代都會替他講話。因此案子很難破。
聽到這樣的事，我覺得很不可思議，因我也是人權醫生，從學生時代到成為人權會會長並推動平反二二八，我一直對不公義的事情無法接受。我覺得社會一定要有公義，所以我向謝長廷報告說：「謝市長，你是人權律師，我是人權醫生，今日我們在高雄服務，為了人民權益或說社會正義努力，我是為人民健康要盡責任，假設今日我們行使公權力遇到黑社會的反撲，甚至不法利益集團還傷害公務員，案子若沒破，未來公務員沒辦法執行公權力，衛生局人員哪敢再取締不法？」所以，我一定要破案。
謝長廷說：「我們高雄市刑大至今都沒線索。那就打電話給法務部長陳定南報告」。我向陳定南說明後，法務部派檢察官來找我。這個檢察官第一句話說：「局長，這個案真想破案嗎？」我立刻回應說：「你不要開玩笑，你們不破案，我要自己破案！我會開記者會向全國人民宣告，因為公務員行使公權力被威脅、傷害，可是司法單位沒有辦法保護公務員的安全，公務員只好自力救濟。而自力救濟的方式就是我也去找一個殺手，把對方殺了。我要向全國人民表示，就是我做的。因為政府不能保護我，我只好自己保護自己。要不然我就無法執行公權力了。」該檢察官聽後嚇了一跳告訴我說：「局長千萬不要這樣想，我們一定會破案！」
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