高醫「董事會」行文教育部選出代理校長楊俊毓案，教育部回「已悉」，黃國昌批：垃圾公文！並指：這是哪個國家體系可以寫出這種垃圾公文出來？教育部將國家公文視同兒戲，教育部昨27日緊急發文高醫確認「已悉」非核定，惟文中表示，私校法規定，代理校長無須報部核定
針對教育部回文承認「已悉」非核定，但完全未處理相關董事會本身現行其適法性問題，也未對校友會與高醫工會質疑違法董事會相關事宜進行任何說明，高醫大校友會與師生團體大加撻伐！高醫大今28日(四)下午召開第8次校務會議，校務會議代表多人連署提案籲請監察院糾正學校主管機關- 教育部對違法產生的高雄醫學大學代理校長的不積極作為，全案經表決提案通過。
※該提案說明全文：「董事會日前報教育部補選之3位董事尚未被教育部核准，目前處於不完備身分無法啟動校長之遴選，自然無完備身分來遴選代理校長。
董事會遴選之代理校長於6月7日報請教育部，至今沒有收到正式核准公文。依照高醫大組織規程(下稱組織規程)第5條第5項後段「…校長因故出缺時，由董事會就副校長、教務長、學生事務長、總務長選擇適當人選代理校長，並報教育部。」，又按組織規程第6條第2項前段「…前項副校長之任期應配合校長之任期」，明訂副校長之任期與校長相同，亦即至今年6月30日止。依此可推知，僅在校長任期中因故出缺時，董事會始得在副校長、教務長、學生事務長、總務長中擇適當之人選代理校長。倘為校長任期屆滿卸任，而董事會尚未完成遴選校長並報請教育部核准時，因副校長亦同時任期屆滿卸任，自無副校長得為董事會選擇為代理校長之可能，此觀前述法規之文義自明。從而，董事會此次選任現任副校長為代理校長，於法有違。（請參見附件：99年董事會發文裁示附院副院長不得代理院長之公文）」。
高醫大校友與校務會議代表等多人指出，教育部之前因遭監察院糾正直指包庇、縱容高醫董事會，潘文忠部長時期因而由高教司另組專案調查，並公布調查報告，歷吳茂昆部長包括至今「不核備」違法董事與董事會自行宣稱所選出的校長鍾育志資格，為此，代理部長姚立德豈可放任當前不合法董事會自行選代理校長，漠視不合法董事會繼續不當掌控高醫，更何況高醫大組織規程已明確寫明，如依教育部回文：「私校法規定，代理校長無須報部核定」，則也必須依照高醫大現行組織規程，反之恐將形成：「合法校長交接給不合法代理校長」的不合法交接。
高醫大校務會議代表多人指出，台大事件時高教司的放任，使違法的校長遴選没有及時處理，把單純教育、學術倫理議題釀成政治惡鬥 破壞社會和諧。現在高醫董事會紛爭事件，又因教育部放任私校董事會違法濫權，把大學自治學術自由轉成董事會自治。將重要代理校長選舉視同兒戲，放任董事會胡作非為。教育部是怠惰與失職，把私校師生壓制為次等師生，完全悖離教育精神，荒誕無比。
