農田水利會成立迄今已有百年的歷史，組織也歷經多次改變，會員約有140萬人。由於與長期執政的國民黨關係良好，讓民進黨在地方及中央選舉上吃了大虧，雖然在民進黨首次執政時，也想透過水利會會長直選，來改變水利會的政黨傾向及結構，卻始終未能如願。在某些民進黨籍立委積極運作下，採釜底抽薪方式（選不過就修改遊戲規則），即便民進黨內亦有不同聲音，立法院還是在2018年（民國107年）三讀修正通過農田水利會組織通則，將原先屬於公法人的農田水利會改制為公務機關農，會長改為官派，停止辦理會長及會務委員選舉。在相關子法及施行細則未完全制定且外界仍有疑慮的清況下，政府進一步規劃將於2020年（民國109年）10月1日正式改制為公務機，引發反彈，畢竟由「農田水利會」全體會員經由合法投票同意後才更具正當性，而不是任由政府立法機構片面決定，如今農田水利法已三讀通過，「只是這樣的改變，對農民及農業未來發展是好是壞，時間將會給出答案！
變公務機關未必就能解決問題
根據官方統計資料顯示，全台共有17個水利會，全國68萬公頃可供糧食生產之農地，目前灌溉面積為36萬7765公頃（尚有37萬公頃公頃農地未納入農田水利會灌區管理），用水量平均灌溉用水量為112億噸，占我國總用水量比例為64%。當初設置水利會主要目的在調派管理農民、農業用水，改為公務機關，水權將由政府直接調度，勢必嚴重影響農民權益。而農業用水原本在與工業用水、民生用水的調配中就屬弱勢，總是第一個被調派犧牲，被要求休耕，而農業用水現況，現存問題，該如何調配管理農民本身最知道，以目前連灌區內的農田都長年供應不足、自顧不暇，在管路、圳溝都未完善建設的情況下，政府部門宣稱改制後要擴增灌區外農地37萬公頃（與農業用水要調整釋出的政策矛盾），能否如政府部門所言可以服務更多農民，可發揮更大功能外界多所質疑。當前農田水利會財務結構差異大，公權力不足，農業水資源利用效率下滑等等，確實需要革新、改變，導入新的經營管理模式，亦應該加重農民的參與程度及話語權，但絕不是直接變成公務機關，何況人事權改由執政黨支配，難保不酬庸（現行肥貓有增無減）且與先進國家作法背道而馳。
另一個爭議點是在於農田水利會改制後資產及負債將由國家概括承受，並納入農田水利作業基金管理，該「作業基金運作模式」也引來學者的強烈質疑和批評。過去有關土地徵收、地價稅等法規，都是處理非國有財產，如果不經過土地徵收程序，就用國家概括承受方式處理，學者專家也質疑會有違憲的疑慮。
政府一再強調人事精簡的必要性，在國庫吃緊的情況下，卻不斷新增機構及人力（儘管政府宣稱該機關內人員採公務人員及水利會人員雙軌制），政策相互矛盾也引發外界批評。
如此重大的改變攸關廣大農民的權益，而當事人的想法與看法，卻未受到充分的重視（公聽會意見分歧且政令宣導多於傾聽民意），掌權者依舊高高在上，此與民進黨過去強調人民作主，實質尊重民主的作法大相逕庭，無法讓人信服。農田水利會改為公務機關是否對農民和農業發展更有利，相信很快會有答案！
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