梅姬颱風挾帶強勁風勢侵襲臺灣，造成全臺各地區嚴重災情，部分大專校院、高中及國中、小學等因而造成校舍及電力損毀，或有校區樹木傾倒與部分地區淹水。教育部29日表示，根據到28日傍晚的統計，各級學校共有814校受到侵襲，災損金額初估1.61億餘元，其中以臺北市轄屬135所及臺南市83所學校災情較為嚴重。
教育部表示，全國高級中等以下學校因受到梅姬風災影響，無法順利復課學校，共有高雄市桃源國中、寶山、樟山國小及桃園市復興鄉光華國小等4校，因道路中斷導致29日需繼續停課，高雄市教育局表示將視後續道路搶修狀況，並於學校復課後將停課期間教學時數均攤於每日第8節課實施補課。
另外苗栗縣南庄國小，也因風災吹落大量鐵皮，嚴重影響學生安全，包括學校及附設幼兒園學童目前暫時安置於南庄國中及東村活動中心繼續就學，以維護學生就學權益。
教育部長潘文忠28日在國教署長邱乾國等陪同下，分別前往風災受損嚴重的學校苗栗縣南庄國小、臺中市順天國中以及市立惠文高中等3所學校，瞭解學校災損與復原工作進行，針對校方所關心學校校舍、校園環境修復工作規劃及所需經費情況，潘文忠指示，先對苗栗縣及臺中市各核撥緊急搶修搶險經費100萬元，並綜合檢視各縣(市)受災狀況併同予以協助，包括各項必要清運及安全維護工作，協助其轄屬學校作為緊急災後復原工作經費，以加速復課，希望讓災損對教學影響降至最低。
南庄國小校長日智衡表示，教學區校舍鐵皮屋頂約13年前完工，梅姬過境，面積約400平方公尺的北側校舍鐵皮屋頂禁不起強風吹襲，整片被吹翻，掉落內庭操場，東側校舍屋頂也被砸到，無法靠人力移除，只能暫時拉起封鎖線。對此潘文忠指示，救急清理與重建分階段辦理，其中救急部分，不必經由會勘，由教育部先行核撥款項辦理，讓學生可以盡快回到學校上課。
