媒體報導；桃園地檢署檢察長彭坤業日前被質疑受理一起名醫逃漏稅5億元案「陳情」後，不當指示檢察官與被告認罪協商，因而遭調職。高檢署成立調查小組查出，向彭坤業「陳情」引爆關說司法個案醜聞的幕後關鍵人物，竟是上一任法務部長邱太三，由於邱太三目前擔任總統府國安會首席諮詢委員，是總統蔡英文的重要幕僚，且知悉許多重大國家安全機密，卻毫不避嫌介入司法個案，恐使原本看似單純的關說醜聞，頓時升高為國安危機……
https://tw.appledaily.com/new/realtime/20190402/1544019/
時代力量立委黃國昌針對該案在臉書po文抨擊：這是什麼腐敗的結構？簡直是司法之恥！這是什麼腐敗的權貴司法？法務部應立即將邱太三、彭坤業前檢察長移送監察院彈劾！
違法事實如此明確，法務部還幫彭坤業調升高檢署主任檢察官，到底還有沒有是非？高檢署的調查報告，印證今天邱太三發的聲明，根本是謊話連篇，忝不知恥！
網路ptt裡也是諷刺批評聲浪滿天(節錄部分)；
司法改革？哈哈哈、司法改革是個笑話、扯、台大法律可以廢了，出了一堆有道德瑕疵的校友、司法改革改了啥？、這社會到底...、這個關說的層級也太高了吧！不知道價碼多少?、哀、又是台大法律的、說個笑話：司法改革、新獨瘤你敢動，被追殺、丟人 dpp越來越墮落、厲害了，你的黨、笑死，看看現在的司法，這叫有功?邱太三原來升那麼高 蔡英文沒救了 還肯定司法改革勒、唉 無言……https://ptt.jimpop.org/cdbfb6886e8b
此外，另有網友在社團群組po特別註記，邱太三：就是那個視五星旗在台飛舞為言論自由的「部長」。
※「附註」：邱太三3點聲明，表示他為避免被告對檢察官反悔不願繼續認罪協商的行為，有「少做了一些事」等不當揣測，因而導致司法形象受到傷害，才依法陳情，並強調他本人「坦蕩」，且主動聯繫高檢署接受調查，絕無介入個案關說。(聲明轉自蘋果)
