「鑽石公主號」郵輪確診武漢肺炎（新型冠狀病毒COVID-19）病例持續增加，駐日代表謝長廷15日深夜發文表示，台籍乘客希望回台不必再隔離，引發網友批評，謝長廷今（16）日補充，如果防疫中心決定需要隔離，那就是決策；外交部回應，謝長廷發表的乘客意見和指揮中心決策不一致，對造成混淆與困擾表示歉意。
謝長廷15日晚間在臉書上表示，包機接回台籍旅客一事，正和日本交渉中，他與代表處同仁徹夜作業，詢問每位乘客的意願，所得的答案，大概是留在船上怕感染，政府可以派包機很感謝，但如過了19日，希望回台灣不必再隔離，同時希望低調回台，保留隱私，不希望引來太多異樣目光。
「希望回台灣不必再隔離」的發文一出，引發許多批評，謝長廷今天再度發文，針對昨晚的臉書，網友回應很多，可見大家對這個事情都很關注。駐日代表處的功能，就是執行國內決策，全力和日本溝通，並站在第一線保護國人的權益，反應船上國人的需求，給予慰問以及精神支持。
謝長廷說，接回台灣的乘客需不需要再隔離？這屬於防疫專業，如果防疫中心決定需要隔離，那就是決策，只要事先講清楚就好。再來就是執行。從現在開始到包機回到台灣，有很多作業必須進行，也有很多風險和困難，代表處會配合日方及防疫指揮中心妥善的完成，也會照顧好國人的隱私。
對此，外交部回應，謝長廷15日在臉書上發表有關處理鑽石公主號乘客的意見或問卷，和中央流行疫情指揮中心決策並不一致，外交部對所造成的混淆與困擾表示歉意。
外交部強調，防疫視同作戰，中央流行疫情指揮中心就疫情防控是全國唯一的決策及統籌單位，外交部全力配合並尊重指揮中心的專業判斷及指揮。
