2016年11月復興航空無預警宣布停業，讓市場大感意外，但隨即也被發現興航宣布停業之前，已經有內部人開始在盤中賣股，明顯有內線交易嫌疑，經台北地檢署偵辦後發現，林明昇的嬸嬸林鄭珊珊、易飛網董事長周育蔚等4人涉嫌違反證券交易法第157條之1條等內線交易罪嫌，均提起公訴。而興航董座林明昇則因罪嫌不足不起訴。
復興航空在去年11月宣布停業後，證券交易所監視部即掌握資料，發現興航在解散公司的重大訊息曝光前，股票交易爆量，從18日的398張，飆至21日的1萬零755張，放大27倍，被檢調懷疑有內線交易，北檢因而隨即分案調查。
在調查後發現，林鄭珊珊除了是林明昇五嬸，也是興航法人監察人，林鄭珊珊去年11月得知興航無意解決資金缺口時，就知道興航有財務危機，因此11月18日便請營業員賣股，不法避損達138萬多元；另外，易非網董座周育蔚也因為早一天得知興航要停飛一事，而在21日就賣出股票，不法避損44萬多元；此外，百順旅行社負責人劉信平也在21日賣股，不法避損達591萬多元；而龍騰旅行社董座朱漢光的柯姓妻子也賣股不法避損4萬多元。其中林鄭珊珊、周、柯認罪，且繳回犯罪所得，北檢請求法院宣告3人緩刑。
另外，對於外界批評興航停飛前一天宣布重訊內容不實，當媒體去年11月21日披露興航22日將停航後，興航卻發布重訊否認媒體報導，被認為是散播不實資訊，涉嫌違反《證交法》。
這個部分檢方調查認為，林明昇直到21日都得還在找相關投資人挽救興航，林明昇曾找了長榮航空前董座張國煒的代表聶國維談私募，也曾找日籍投資人商借10億元，但最後資金都未到位，因此直到22日召開董事會才確認興航要「停飛一天」。因此，興航21日重訊是對「全面停航」、「停業」等媒體報導加以否認，並無發布不實重訊，北檢因而將林明昇等人不起訴。
而前民航局長張國政曾召開記者會，宣稱有團隊要接手興航，後又宣告破局，讓興航股價先上後下，張國政被質疑涉散布流言影響市場一案，檢調也查出，張國政曾與柬埔寨吳哥航空執行董座樓文豪等人，商談組成團隊幫助興航等，也曾向林明昇表示有意接手興航，但林明昇認為張應該公開講，張才會開記者會，因興航沒有在期限內提出復飛計畫，航線遭收回，因此張才宣布取消接手，因此北檢認為張無意圖影響股價而散布謠言，將張國政不起訴。
