總統蔡英文在總統大選後，可以遊說林全來當閣揆，但就是搞不定行政院前副院長邱義仁的人事案，這次蔡英文終於搞定了，此一人事並非是先前所說的無給職的民進黨新境界文化基金會執行長，而是亞東關係協會會長，就在此刻台日關係，真的需要幫忙協助，這一點說動了邱義仁點頭同意。
邱義仁在扁朝時代因巴紐案主動請辭政院副院長一職 ，纏訟多年，終於在2012年官司獲判無罪，法院還其清白後，隨即前往日本京都及北海道大學擔任訪問學者，前後有一年半的時間。
在總統大選前，受到蔡英文的召喚，返台輔選，這當中他也不爭什麼輔選職務，蔡英文倒是派給他一個重要工作，檢視所有推出的政策，是否能找到預算和執行的可能性。
在大選後，蔡英文從總統府、國安會到外交部都詢問過邱義仁意願，無奈邱義仁因巴紐案受創甚深，不願再進入體制內工作，最後民進黨智庫新境界基金會執行長，邱義仁點頭同意了。
但是林全擔任智庫執行長時，因為林全在外面擔任幾個獨董，年薪數千萬元，邱義仁與林全境況完全無法相比。蔡英文主動要幫邱義仁募款，但遭邱義仁婉拒，他不希望破了黨的規矩。
如此一來，蔡英文壓力就更大，當了幾年農夫的邱義仁又去日本擔任訪問學者，知情的黨內人士，都為邱義仁抱屈，認為起碼要改變規定給他一份薪水。
事實上，邱義仁不僅赴日擔任訪問學者，在他任國安會正副秘書長時，他除了延攬時任北海道大學教授林成蔚擔任國安會諮詢委員（現任日本常葉大學法學部教授），大力發展對日關係。邱義仁和林成蔚在上次蔡英文赴日，兩人也扮演穿針引線的重要角色。
從總統大選期間到選後，邱義仁都出現在台日重要的場合，包括選後蔡英文也派邱義仁前往日談兩國合作的方向。
這次「沖之鳥礁爭議」以及未來漁權海域的問題，在在需要協商折衝，蔡英文派出前任行政院正副院長擔任駐日兩個重要位置，內定行政院前院長謝長廷擔任駐日代表，而為了穩固台日關係，邱義仁也點頭同意蔡英文的請託，這也讓「小英」放下心中一塊大石頭，不過未來 邱義仁與謝長廷在對日關係發展上，有無雙乘效果，頗引人關注。
