國內朝野均表達加入TPP第二輪談判的強烈意願，然而橫在眼前的關卡除了開放含「萊克多巴安」美豬進口外，對農漁業造成的衝擊亦在考量之列，只是農業部分外界有較多的探討，對於漁業的影響則媒體咸少關注，而漁民忙於顧三餐無暇去瞭解加入TPP可能對他們生計帶來的衝擊，一旦通過談判同意大幅鬆綁現行管制規範並大幅降低進口關稅，壓縮國內漁業生存空間，屆時就算走上街頭抗爭除宣洩情緒外也無濟於事。TPP給漁業帶來的風險包括：大幅降低進口關稅、部分漁產品品目重疊、國外產品具低成本憂優勢、國內漁產品價格低迷等（日本政府估算加入TPP水產品生產額會減少約4,200億日圓，其中國產的紫菜、海帶、鮭魚、鰹魚、鲔魚、鳗魚、沙丁魚、鰺魚、扇貝等受衝擊大），雖然基於談判需要無法全盤告知，但是對於可能受影響的項目、範圍、損失金額、應變對策等應該事先和國會議員、漁民團體、地方政府等充分溝通尋求諒解與支持，不能只是委由學者透過計量模型運算應付了事。
以日前在國內引發仿冒高價鱈魚（Cod）的越南巴沙魚（basa fish博氏巨鯰）為例，巴沙魚是東南亞國家重要的淡水養殖品種，由於巴沙魚具備養殖成本低（每公斤20多元台幣）、單位產量高、成長快速等優勢，讓巴沙魚在國際市場（尤其是歐美市場）被認為是最有可能取代吳郭魚成為全球霸主地位的一條魚。
美國雖然是越南巴沙魚第二大出口國，但是美國國內也養殖美洲河鯰（channel catfish），占美國淡水養殖總產量的80%，受到越南巴沙魚低價搶市影響，許多養殖戶不堪虧損紛紛關場引發當地養殖業者反彈。為此美國國際貿易委員會（ITC）曾多次對大量來自越南的低價巴沙魚課徵反傾銷稅，來保護在地產業。在加入TPP、越歐自由貿易協定後，更有利越南水產品出口，為此越南農業部規劃到2020年該國巴沙魚養殖面積將達到1.3萬公頃，年產量約為200萬公噸，出口金額達到20億美元並將積極拓展亞洲市場。
如今越南已經成為TPP會員國，我國政府若想加入TPP第二輪談判，勢將面對越南政府要求降低巴沙魚進口關稅，目前我國從TPP會員國進口的水產品關稅偏高（10-30%）屆時不僅進口量會大幅增加（目前進口量約6千餘公噸），還將會對國內大宗吳郭魚產業（年產量7萬多公噸，產值約33億元台幣）造成市場上的競爭壓力，需要有完整的因應對策，政府不要輕忽這條魚的威力。
日本加入TPP對水產衝擊較我國小的原因在於，日本原本水產品進口的關稅僅3.5-7%且日本料理在世界各地的名氣高，日本水產品的海外市場將會更加擴大。加入TPP我國漁業將面臨更大的競爭壓力與挑戰，但全面降低關稅也會給部分具競爭優勢魚種（如鯖魚、魷魚、鮪魚、鰻魚、石斑等）帶來更大的出口商機，如何取捨端賴政府的準備功夫和談判能力，別讓漁民失望！
