台南地區僅存的西拉雅（Siraya）平埔語文獻，經過17世紀荷蘭傳教士的翻譯與努力得以留存下來，這是新約聖經的其中一本，名為「馬太福音」（Matthew），目前留下來的是平埔人西拉雅語與荷蘭語的對照本聖經。台灣史文獻，亦有荷蘭時代台南平埔人用羅馬拼音書寫，留下來的土地租借、買賣與借貸等方面的契約文件，名為「新港文書」（所謂新港文，即羅馬拼音書寫文字）。目前所知，西拉雅語是荷蘭時期台南人所通行的語言。近來台南一些平埔人也重新興起一股學習「西拉雅語」復興運動，年輕女性潔夏兒.可卡普（Jesha Prekop），就是其中1位代表性人物。
美國維吉尼亞州喬治梅森大學（George Mason University）台灣史教授韋傑理（Gerrit van der Wees），12月4日在《台北時報》（Taipei Times）發表一篇專文，名為「17世紀台灣第一批基督徒」（Taiwan’s first Christians in the 17th Century），內容指出，19世紀末期到台灣傳教並行醫的牧師，素以北部的馬偕（George Lesley Mackay），以及南部的馬雅各（James Laidlaw Maxwell）等2位醫生牧師最為知名。較為罕為人知的是，17世紀荷蘭時期的台灣傳教活動，當時有數千位台南的西拉雅（Siraya）平埔人，因為福音影響而改信基督教；另外，當年的傳教士，也創設初級的教育服務、健康照護，並從印尼引進水牛改善農耕，後來用水牛的耕作方式，甚至遍及全台各地。
（1670年台灣平埔原住民繪圖/By Olfert Dapper/ Wikipedia Org）
荷人據台初期/平埔人勢力強大
荷蘭人1624年在台南大員半島（Tayouan peninsula，現已不復有當年環海景象）沙岸地帶，建立穩固立足點，隨即開始建造其防禦堡壘熱蘭遮城（Fort Zeelandia，即位於現在的安平古堡）。荷蘭當局，隨後也著手針對平埔人（註：即當時台南的平地原住民）進行傳教工作。干治士牧師（Reverend George Candidius）於1627年抵達台南；不過，他無意於住在軍事城堡之內，寧願選擇新港社（Sincan，即今天的新市）成為他的落腳居所。從傳教工作開始，他就努力學習平埔人西拉雅語；結果，慶幸的是，在隔年1628年聖誕節，其傳教小有成就，讓128位平埔人懂得禱告，並能回答基督教的核心基要信仰。
干治士也在台灣南北走動，進行人口調查。1628年，他撰寫一分旅行式見聞文獻，內容述及約有20萬平地原住民，住在堅固防守的村庄內；他們從事打獵、採集，以及基本農業活動。狩獵文化盛行，連帶也讓村落內預知吉兇的女巫，擁有相當大權柄與影響力。他的見聞報告也顯示，當時台灣只有數百名福建人住在沿海地帶，從事漁業與商販。
相較於干治士，1629年從荷蘭抵達台灣的尤羅伯（Reverend Robertus Junius）牧師，他更熱心於傳教之外的其它工作，並曾於麻豆社屠殺60名荷蘭人事件（即西拉雅族原住民暴動）過後，參與跟平埔人協商和解工作。尤羅伯熟悉西拉雅語，曾將荷語新約聖經的多部作品，翻譯成西拉雅語（可惜後來並沒有流傳下來。）尤羅伯住在靠近熱蘭遮城的普羅民遮城（Fort Provintia，即現在台南的赤崁樓Sakam，為當時荷蘭人的首府攝政城）。尤羅伯亦密切參與，荷蘭東印度公司在台治理平埔人的綏靖運動（pacification campaigns）。據悉他（應該）是個主張和平、和解的倡議者。
荷蘭在台灣的平定行動（Pax Hollandica），或稱之為荷蘭治世，約於1635年間來臨。之後，開始有更多福建人來到台灣從事稻米、甘蔗等作物種植；由於豐富農作產出，導致這2項作物，得以外銷到日本、波斯（該地域相當於今天的伊朗。）
荷蘭第1位來台傳教士干治士，1636年在台灣建立史上第1間學校，教育班上70位學生，學習用羅馬拼音紀錄自己的母語。學校教育在台南地區傳播很快，到了1650年代，當時共有40所用羅馬拼音及荷蘭語做為主體的學校；其中一些是荷蘭人男教師，不過，也有許多平埔人教師。
1640年代/水牛來台灣
到了1640年代，荷蘭當局又增派多位傳教士來台，其中2位較知名者是40年代抵台的倪但理（Daniel Gravius），以及安托紐思·亨布魯克（Anthonius Hambrouck，後遭鄭成功誅殺）。當時改信基督教的平埔人，增加到5千人。其後，干治士於1644年回到荷蘭台夫特（Delft）定居，並在神學院教授西拉雅語，希望啟發他們來台傳教的願景熱火。
倪但理牧師於台南北部的蕭瓏社（即今天的佳里區、七股區）傳教，他廣泛接觸來自福建的「台灣新移民」，這些漢人在當時相對偏遠落後的台南北部，勤儉過活。他觀察到，當時的台灣農耕方法簡陋，因此決心幫助人們尋求改善。1649年他從東印度群島（即今天的印尼），引進121頭黑水牛；後果他發現台灣人很快上手，將公水牛用於水稻種植前的犁田，翻土工作；甚至直到今天，「水牛」一詞仍成為台灣傳統農業的象徵（僅管機械化耕作早已全面取代水牛角色）。
倪但理（Gravius）的另一功績是，將荷語新約「馬太福音」，譯成西拉雅語，這是當時留下來，關於西拉雅語的唯一完整文獻。
（1644年的熱蘭遮城。原收錄於Isaac Commelin約在1644年編著的《荷蘭聯合東印度公司的起源與發展》一書中，此張為法國人René Augustin de Renneville在1725年所出版之法文本，原圖為黑白，這張則繪上色彩，分外美麗。圖中是描述台南（熱蘭遮）城初建之時的景象（約1630年），城建在臺南安平的沙丘上，外面用木柵圍住，旁邊的房子，分別為公司商館、倉庫。最左邊則為漢人生意人的住宅與店鋪。前方則為舊安平港口，前排船桅懸掛紅白藍三色旗者，是荷蘭船隻。圖片取自/Wikipedia Commons）
9個月圍城
另一位亨布魯克牧師（Reverend Hambrouck），後來成為鄭成功與荷蘭當局的著名調解人。1661年4月間，國姓爺率領2萬5千士兵進駐，荷蘭堡壘熱蘭遮城外圍的廣大鄉村地區；不過，鄭氏還並沒有立即發動緜密攻勢，而是採取斷絕外援的圍城攻略。
國姓爺一開始先逮捕、監禁，住在熱蘭遮城外村落的5百位荷蘭人，並命令亨布魯克前往荷人堡壘，要求荷蘭統治時期最後一任台灣長官「揆一將軍」（Governor-General Frederic Coyett）投降；國姓爺並扣押這位牧師的太太、以及一兒一女做為人質；他的另2位已婚女兒，則住在荷人堡壘內暫時未受影響。
當亨布受命進城與揆一將軍見面，他力主揆一先生，應穩住局面不要投降，以待來自巴達維亞（Batavia，荷蘭東印度公司總部，即今天雅加達）的援軍到來；他在城堡內的另2位女兒，請他留下來以求保住生命；不過亨布魯克牧師，因掛念著充當人質的妻兒們安危，決定冒險前往國姓爺位於普羅民遮城（Provintia）的軍事總部，直接告訴鄭成功，關於荷蘭人「拒降」訊息。
一開始國姓爺還頗為善待近500位荷蘭人質；然而隨著久圍不下，鄭成功逐漸失去耐性，開始對於普羅民遮城的遭監禁者，施加嚴懲，這5百名荷蘭人多數為教師、市政人員、醫療人員，其中6位是傳教人員。據悉，於離城鎮較地區，鄭成功的部隊，對於來不及逃離的荷蘭民眾施加酷刑，並對於支持荷人的西拉雅民眾，處以釘十字架刑罰。
國姓爺的火焰與憤怒
到了1661年9月中旬，國姓爺對待荷蘭人的殘酷、暴怒時刻終於降臨。鄭成功部隊突然對於包括婦女、兒童，以及牧師在內的近500位荷蘭人質，加以殺害。進行斬首之前，士兵先行削掉荷人耳朵、鼻子，並斷其手臂；其餘倖存的女性，則淪為鄭成功，或其部屬的性奴隸。
一些歷史書籍指出，讓國姓爺爆發狂怒將5百名荷人逕予斬首原因是，事發一週前，10艘荷蘭船隻出現於海岸邊，對鄭成功部隊發動轟炸，殺害不少士兵；隨後因海象不佳，無法靠岸，船隊只得折返巴達維亞。
其它原因可能是，位於荷蘭軍事堡壘熱蘭遮城東北方，支持荷蘭的平埔人，對鄭成功部隊展開攻擊，殺害2千位明鄭士兵。不論哪種說明更接近事實？雙方之間的戰爭屠殺，已經催毀了近40年來荷蘭人在台南地區，迅速發軔的基督教傳播工作。
熱蘭遮城包圍軍事行動，結束於1662年2月1日，荷蘭長官揆一宣佈投降。國姓爺為了表彰揆一將軍的識時務決定，答應讓遭圍城長達9個月，約1,500-1,600位荷蘭士兵，安全離開；雙方並達成18點協議；部份內容指出，荷蘭人離開熱蘭遮城時，得以擊鼓，懸掛荷蘭旗、槍隻上膛，槍隻射擊的火線保險亦可開啟；換言之，荷蘭得到「光榮離開台灣」待遇。同年2月12日，所有荷蘭人登船轉往印尼巴達維亞，永別台灣。
總計，荷人據台38年來，共派遣約30位荷蘭牧師，前往台南以及鄰近地區，從事福音傳播工作。到了1662-1683年明鄭東寧王朝據台期間，卻對荷人所建立的教會、小型醫院、以及學校，加以系統性摧毀；不過，台南地區的西拉雅平埔人，在荷人離開之後，仍朗誦聖經詩歌持續不輟。甚至到了150年後的19世紀初期，當天主教傳教士抵達台南時，驚奇發現到仍有一些教會地方團體，能用初級荷蘭語進行溝通，也能用荷語進行教義問答朗誦。
