對於在中國被失蹤56天的台灣非政府組織（NGO）工作者李明哲，香港銅鑼灣書店前店長林榮基，5月初在美國國會及行政部門中國委員會（Congressional-Executive Commission on China，ECC），探討香港「一國兩制」聽證會作證時，高舉「中國政府釋放李明哲」標語，以及李明哲人像海報，要求中國大陸政府釋放李明哲，以及另一位遭關押長達一年半的銅鑼灣書店負責人桂民海。5月12日，他又針對李明哲案，接受《自由亞洲電台》（RFA）訪問，言詞犀利指出，蔡英文政府處理李明哲案太過小心謹慎。他並說，人家（中共）欺負你都上到門口，還可以退？
林榮基先前在美國聽證會中指出，台灣政府應該多為李明哲發聲，起碼要發表聲明。作為一個台灣政府，卻為什麼不出聲？讓我們（外界）看起來，台灣政府現在處理（李明哲案）很不理想，也做得不夠。
陸委會發言人邱垂正則指出，該會與外交部始終保持密切聯繫溝通，政府相關機關也會繼續合作協力，跟家屬與相關NGO團體聯繫，提供必要協助。陸委會並已在官網上設置關懷人身自由安全專區-李明哲案專頁。
目前人在加拿大的林榮基，接受《自由亞洲電台》訪問時表示，台灣政府在李明哲案過於低調，被解讀是為了爭取世界衛生組織大會(WHA)邀請函，最終卻還是落空。
林榮基表示，自己在美國國會作證期間聲援李明哲，因為他相信「人權高過主權」，他也建議台灣政府，可以透過人權組織到聯合國發聲，至少要有個清楚態度。
林榮基說道，她（即指小英）好像很怕大陸政府，其實臺灣不用這樣的。你看你有軍隊、有台灣貨幣，台灣主體，對嗎？也有台灣政府，台灣民意代表，你怕什麼東西？你怕他打你嗎？不可能的事啊！林榮基強調，台灣委屈不能求全，唯有「高調」才是營救李明哲的好辦法。
林榮基近來一貫展現古道熱腸的人權鬥士身影，也對李明哲案，持續保持關切。4月28日，他在香港《立場新聞》，以事件過來人經歷發表一篇聲援李凈瑜文章，名為「在台灣/我們談到李凈瑜」，言詞之中，充滿關切之情。茲摘錄內容如下：
我再說一次，李明哲會沒事的，他會安然無事，因為他的失蹤，引起了關注，倘若他被傷害，囚禁李明哲的人不好交代。我知道妳擔心，擔心他的身體，他的糖尿病，交去的藥物沒讓他吃。不會的，綁架他的人不是笨蛋，傷害李明哲沒有好處。共產黨是笨的嗎 ? 當然不是。有傳說是廣東當局搞錯了，綁錯人。不排除這個可能，把他拘禁在廣東，說明就有這個可能。對比把書店的人囚禁在北方，就更加明顯。但現在有另一種猜測，因為九二共識，小英政府愛理不理，大陸這種蠻橫，等於迫婚，都不想想自己多醜惡，於是老羞成怒，綁架李明哲做籌碼。也有這個可能。
但不管怎樣，傷害他沒有好處，這是肯定的。明白嗎 ? 沒人敢傷害李明哲。我想妳放心好了。我想我們要關心的，是他的精神狀態。李明哲會被恐嚇審問，關於他罪名，他的網絡言論，他的寄書。他們會像過去折磨我一樣，不是身體，是精神上，把那些子虛烏有的罪狀，儘量誇大，無限延伸，逼迫他上電視，逼迫他寫悔過書，讓大陸人看。他們搞這些下三濫手段，是給大陸人看的，因為他們也知道，他們的誠信，他們的處事方式，在自由的世界裏，早就破產。只有那些幫兇，那些貪錢名嘴、那些紅色傳媒，埋沒良知，照報不誤，甚至說非成是，把受害人的妻子，試圖通過傳媒救夫，扭曲成加害者。
請記住，你們並不孤單。
林榮基 2017/4/28 台北
