首批武漢返台專機中，不僅有50位以上非我國籍人士，第一優先重病缺藥的病童也未列入返台名單，更甚者，還偷塞了1位確診患者，遭到國人一片撻伐。國台辦還批評台灣以容量有限不接回滯留在湖北的台商。對此，陸委會今日凌晨回信反駁對岸防疫不落實，接運過程草率，強調「如果用已提交多少人的名單、必須於幾日之內運送完畢，這樣急就章、草率的處理方式，勢必造成疫情傳播風險遽增，形成雙方防疫上的莫大危機」。
武漢返台專機造成防疫破口，引發軒然大波，許多人都覺得中國趁機「衝康」台灣，國台辦發言人馬曉光甚至對外宣稱「後續運送安排不斷受到台灣當局阻撓」，陸委會今日零點時分，特別針對武漢台商包機事件發聲明反駁，國台辦所言並非事實。
陸委會強調，我方早先已告知對方，須以於武漢短暫出差者、有慢性病患者、有長期特殊用藥與密切醫療照顧需要者（如：血友病等重大傷病），或老人、小孩等抵抗力較弱者為優先，也提交相關名單。但是上述對象多數多未在列，未能真正體現人道優先的原則。
陸委會指出，首批人員2月3日返台後，出現3位發燒、1位確診，產生防疫破口，顯見中國宣稱的防疫作為並未落實，還造成同機人員交叉感染風險，面對疫情嚴峻，防疫絕非兒戲。若因此增加更多感染者，其嚴重後果不堪想像，明顯不符合雙方商定防疫為先的共識。
陸委會再度強調，滯留人員接返作業，的確存在防疫上的風險，必須採取最高安全規格的防護作為，妥慎執行，接運過程相關操作絕對不能失之草率、便宜行事，這都需要雙方加強相關準備與協調合作。如果用已提交多少人的名單、必須於幾日之內運送完畢，這樣急就章、草率的處理方式，勢必造成疫情傳播風險遽增。
陸委會表示，兩岸關係特殊，希望中方放下政治思考，回歸人道立場，落實防疫管控風險，讓滯留人員可以順利早日回台。
