第二批武漢包機分別由華航、東航負責執行任務，期間一波三折，有18人拒絕檢疫，11人未報到，還有上了飛機發生體溫異常，4人被緊急請下飛機。兩航班相繼在10日深夜11點37分、11日清晨04時15分抵降落桃園機場，延誤近7小時。疫情中心指揮官陳時中全程盯梢，二度到機場查看檢疫狀況，361名返台國人於今天清晨分別送往檢疫所隔離14天。
第一班華航包機原本預計10日下午5時從武漢起飛、晚間7時45分降落桃園機場，因為檢疫發生問題，傳出18人不願意配合檢疫，還有11人沒有報到，登機時間延誤近3個小時，最後總共173人登機，改為晚間8時25分起飛。
未料，包機上有2名乘客發燒，加上其2名家人，共4人被請下飛機，班機滑回停機坪，直到昨天晚間9時43分起飛，深夜11時37分抵達桃園機場。機上169名台商及其家屬在桃園機場內接受檢測後，於11日凌晨2時30分，由遊覽車送至北中部的3間檢疫所。
第二班東航包機航班號MU7871 A330班機，10日傍晚抵達武漢天河機場準備，原定起飛時間為10日18時30分，受到第一架華航包機的檢疫問題，起飛時間延宕，加上兩架包機的間隔時間考量，延至今(11)日凌晨2時08分起飛，共有192人登機，清晨4時15分降落桃園機場，比原本預計的抵達時間延誤了7小時，經過2個多小時消毒檢疫，清晨6時許，遊覽車陸續將返台旅客送往北部3處檢疫所。
期間，一度傳出東航僅同意乘客戴口罩，不用穿防護衣，與我方提出的橫濱模式高規格檢疫標準不同，事後證實，東航旅客都有穿防護衣、戴口罩。
兩架包機陸續抵台後，指揮官陳時中全程盯梢，第一架包機完成初步檢疫，陳時中於今天凌晨1時左右離開後；凌晨4時17分陳時中再次現身桃機，了解第二架包機的檢疫情況，親力親為堪稱「鋼鐵部長」。
