台大論文造假案延燒至今5個月，由於校長楊泮池涉入其中，從校方調查過程到結果，仍引議論。儘管楊泮池宣布不再續任下屆校長，創下台大百年歷史上，首位校長因涉學術倫理案而不續任的紀錄，但由於其為近年台灣生技發展主要核心領頭羊，掌握極多的國家級研究資源與經費，也令台大案有諸多討論空間。
昨（4月13日）出刊的《天下雜誌》，以台大論文造假案做封面故事，「錢．謊言．假論文」專題報導中，指「論文造假，是個人鬼迷心竅，還是一場集體犯罪？一個校長的辭職，讓國家兆元產業夢醒？以楊泮池為核心的「學閥」，如何能把持國家經費分配？最後卻讓台灣的生技大夢，成了謊言重重的荒謬戲碼，甚至被韓國5年反超？ 」並寫道，「另一種質疑聲開始浮現。過去15年間，政府總計投入343億台幣的龐大生技醫藥計劃，『為什麼會催生了一堆假論文，卻沒有一個能夠上市的新藥？』」
報導中也提及，《民報》2月14日《可悲！台大案效應台灣淪「學術詐騙王國」 論文投稿得先做「誠信說明」》一文裡亦披露過的：台灣學界的國際聲譽，也因此受損。美國微生物學會（ASM）出版的期刊《mBio》，更將台灣與中國、印度列為3大「爭議論文偏高的國家」，甚至有台灣學者被期刊要求提供「誠信說明」。
《天下》報導引發台大校方及醫院雙雙發出聲明，認為文中有謬誤，包括：「去年底，台大醫院副院長吳明賢團隊對幽門螺旋桿菌的新療法登上《新英格蘭醫學雜誌》。他去問楊泮池，能不能登11月的台大校訊電子報。但楊泮池回答他，要先刊郭明良登上去年8月號《自然細胞生物學》的研究。 這篇，其實就是本文開頭提到，第一篇被踢爆的造假論文。台大校訊還以頭條新聞介紹，稱之為「台灣癌症研究發展之重要結果」。事發之後大為難堪，只好趕緊撤下
吳明瞖透過台大醫院發聲明表示，未向楊泮池要求將成果刊登於台大校訊電子報，文中也將其職銜及發表期刊名稱寫錯，《天下》未向其求證，要求《天下》更正並道歉，也將保留法律之追訴權。對此，《天下》回應，職稱及期刊名稱誤植部分，已於電子版進行立即更正，下期刊也會出更正啟事，但其他部分採訪均有所本，「有關當事人與楊泮池互動等報導，確有消息來源。」
至於台大校方聲明則強調，《天下》未提及校方、科技部及教育部審議結果，有失公允。也抗議將楊泮池與郭明良合作以「學閥」污名；並指出楊泮池負責之「生技醫藥國家型計畫」執行至今6年，已有10個新藥開發案完成研究概念驗證，「並非一分未得」等。
台大校方聲明全文：
有關本期天下雜誌(620期)針對本校之專題報導，文章中有諸多觀點偏頗與背離事實之處，不僅對本校造成傷害亦對國家整體的學術發展產生負面的影響，實有必要加以澄清以正視聽。同時本校亦對於一向自許優質報導的天下雜誌有失平衡及未盡查證責任的報導感到錯愕、失望與遺憾。
對於報導中偏頗與不實之處，謹就公共利益及本校有關者擇其重點澄清說明如下，尚祈社會各界公評：
1.重申違反學術倫理案應該尊重學術專業審議結果：
本校教師評審委員會於2月24日完成郭明良教授及相關人員疑似違反學術倫理案之審議並公告審議結果，教育部與科技部對該案亦分別完成獨立調查與審議，審議結果於3月30日公布。教育部、科技部、與台大教評會一致確認楊泮池校長未違反學術倫理。嚴謹獨立的學術專業審議應該給予充分尊重。天下雜誌的報導中刻意迴避說明這個學術審議的結果，有失公允。
2.楊泮池校長與郭明良教授的學術合作關係不應以「學閥」污名化：
郭明良教授實驗室與楊泮池校長兩人之實驗室為各自獨立運作之實驗室，主要合作時期為2000年之後10年間，主要關係則為楊校長抱持學術推廣的心意，協助郭教授團隊進行癌症研究。楊校長也和其他研究團隊有類似合作關係。雙方為基礎與臨床醫學的合作研究，為生醫領域合作研究之常態，並非報導中所影射之「策略聯盟」，甚至被引申為「學閥」。另外報導中提到郭明良教授2009年借調到國科會擔任生物處長為楊泮池校長(時為醫學院院長)所推薦，亦非事實。
3.生技研究人員孜孜矻矻的研究成果不容一筆勾銷：
天下雜誌文章由本校學術倫理案旁及楊校長個人和生技醫藥國家型計畫，對此計畫貶抑不遺餘力。生技國家型計畫是政府為全面改善生技研究環境、提升生醫研究與產業關聯所推出的計畫，績效如何，可受公評，但眾多研究人員(五六百個研究/支援團隊)努力所獲致的具體成果，是不容一筆勾銷的。該計畫執行至今6年，已有10個新藥開發案完成研究概念驗證，也就是達到新藥開發9階段中的第7、8階段，也對臺灣生技環境做了大幅度的改善，從建立技術支援平台、改進法規到進行臨床試驗都有重大成效。生技學術與產業的連結、生技產業的創新是長期的工作，國家型計畫已經為這項工作奠定了厚實的基礎，實在不是天下雜誌報導中「只有零星安打，一分未得」所能抹煞，對於孜孜矻矻的生技研究人員之努力，更不應以不公平的評論打擊士氣。
4.以政府研究資訊系統(GRB)統計教授研究經費存有盲點：
報導中指楊校長所得研究計畫經費超越他人，然楊校長擔任大型計畫主持人，往往都屬於服務性質。以生技醫藥國家型計畫為例，該計畫始於2011年，楊校長為總主持人，2013年擔任臺大校長後即卸任主持人，由賴明詔院士、陳建仁副總統先後接任，陳副總統當選副總統後，楊校長才重新接手，以助完成工作。擔任該計畫總主持人不能申請任何子計畫，但有規劃協調之勞，許多經費卻算在楊校長名下。總之，楊校長個人研究所獲經費遠低於文中所呈現的數值，報導中估算楊校長個人研究經費之繆誤，就像是將全科技部預算都簡單變成科技部長個人研究經費一般，完全是誤導大眾，而以此來凸顯研究資源分配的差異，更非持平的論述。
5.還原楊泮池校長早期發展胸腔超音波技術之歷程：
關於楊校長發展胸腔超音波技術之事，他在擔任臺大醫院總醫師的一年間，分別在腸胃肝膽科、心臟科、血液腫瘤科工作，後來因為某些因素，進入胸腔科。楊校長將他在腸胃科和許金川教授學習的超音波技術，成功應用轉化到胸腔疾病的診斷，是造福普世病人的事，何以成為負面事件？他有關超音波的第一篇論文，指導教授也是腸胃科的老師。楊校長擔任住院醫師前，曾在防癆局任職一年照顧結核重症病患，這是他接觸胸腔疾病診治的最初機緣。
6.報導刻意引用偏頗說法，誤導大眾視聽：
文中刻意引用他人偏頗說法，如「掛名第一作者，但什麼都沒做」等言語，以及文中虛構之研究成果發表於「新英格蘭醫學雜誌」報導不能刊登於去年11月份的台大校訊電子報等內容，已經明顯失衡且欠缺查證，喪失正派期刊之公信力。
吳明賢醫師聲明書全文：
聲明書針對天下雜誌於2017年04月11日第620期關於本人之諸多不實報導及引述，本人逐一澄清如下︰
1.本人目前擔任台大醫學院副院長，而非台大醫院副院長。
2.本人去年底關於幽門桿菌新療法之研究是刊登於刺絡針雜誌（The Lancet），而非新英格蘭雜誌。
3.本人未向楊泮池校長要求將成果刊登於台大校訊電子報，作者與雜誌社卻錯誤引述，亦未向本人求證。相關研究成果已於2017年3月刊登於台大校訊電子報。
對於作者及雜誌社未向本人求證即逕予發佈不實之訊息，本人要求雜誌社立即更正並道歉，也將保留法律之追訴權。
