擔心南鐵地下化工程可能導致嚴重地層下陷與地下水位上升，並可能造成台南市東區、北區、仁德區等區域淹水等問題，環團數度向政府相關單位陳情。但因交通部回覆報告仍無明確答案，環團於11日至台南地檢署按鈴控告交通部涉嫌違法偽造文書，並要求內政部不要通過南鐵地下化計畫。
台南市環境保護聯盟、台南市水資源保育聯盟、要健康婆婆媽媽團、反西港外環道自救會，以及一些南鐵地下化工程的鄰近居民，由於擔心南鐵地下化工程可能導致台南環境大災難：包括鐵路地下化工程西側將嚴重地層下陷，工程東側地下水位將上升，並可能造成台南市東區、北區、仁德區等區域淹大水問題。針對這些爭議點從去年至今，已數度向內政部都委會專案小組、交通部、台南市議會及台南市政府陳情，要求釐清交通部報告有誤，並重新調查與審議。
環團表示，從去年至今，雖一再陳情，交通部卻僅於日前回覆該報告乃由「成大研究發展基金會」所製作，而且不知該報告是否有經專業審查，更未回覆環團舉證報告有誤的爭點，因此認定該地下水報告不足採信，選擇直接到台南地檢署按鈴，控告交通部涉嫌違法偽造文書。環團代表入內向檢察官遞狀，要求地檢署盡快調查，並請內政部在6月14日不要通過南鐵地下化計畫。
台南市環境保護聯盟前理事長陳椒華表示，交通部於2012年提出「台南市鐵路地下化計畫的明挖覆蓋工程對地下水文及鄰近建物之影響研究」報告，其地下水評估內容明顯有錯。以最靠近鐵路地下化工程的仁和井為例，其2008年模擬水位歷線低估；與同期的成大地科系論文「地下結構影響地下水流場之研究：以台南市鐵路地下化為例」比較，明顯交通部報告有錯。
陳椒華進一步強調，如果以低估的仁和井2008年水位歷線，來模擬鐵路地下化後地下水位上升的情形，則將得到較低的水位上升數據，交通部報告累積最大上升水位(0.636公尺)及累積最大下降水位(0.687公尺)也都將低估；而成大論文之模擬最大上升及下降水位有超過1公尺者。這兩份報告差異達40公分，故要求交通部應釐清並重新評估，否則涉嫌偽造文書並觸犯刑法213條「公務員明知為不實之事項，而登載於職務上所掌之公文書，足以生損害於公眾或他人者，處一年以上七年以下有期徒刑」的規定。
要健康婆婆媽媽團秘書長邱春華表示，南鐵地下化工程將對台南市影響深遠，絕不能草率施作。由於該案環評資料（1996年環評，2010年環差）都沒有地下水位調查及因應對策，故今天交通部草率拿出沒有經過審議的地下水報告，被質疑有錯也不回應，根本是公務員瀆職且涉嫌偽造文書。今選擇按鈴控告，要求地檢署調查不法。
