台北農產運銷公司總經理吳音寧的人事問題於選後成為議題，吳音寧於今（29）日上午受訪時表示自己去留不重要，但她不能向謊言低頭；台北市長柯文哲隨後出席台灣醫療科技展受訪時對此感嘆，他也認同台灣政治環境不健康，他也不喜歡去議會、選舉也是很dirty（骯髒），可是他認為就是要應付；柯文哲還說，民進黨敗選的「頭號戰犯」輪不到吳音寧。
農委會主委林聰賢昨（28）日鬆口，認為吳音寧是「階段性任務已經完成」，暗示可能將作人事調動；柯文哲昨日也表示，雖然他認為總經理人選的首要特質是「專業」，而吳音寧這個人選雖然專業，但還是要上議會，不能讓他去議會「當砲灰」，這點他不爽。
吳音寧稍早受訪時表示，她個人的去留不重要，但她希望改革要繼續，包括第一果菜批發市場改建、廢棄物清理、新式質譜儀檢測的確立、設立友善／有機店面，撥補勞退基金差額、蔬果外銷等，都應該持續進行；吳音寧還特別強調，儘管個人去留不重要，但她不能向謊言低頭，包括外界對她的不實傳言或貼標籤等。
柯文哲今日受訪時，有媒體提到吳音寧強調不向謊言低頭、被貼標籤等說法，柯文哲感嘆，其實他也認為台灣政治環境就不是很健康，「老實講，我也不喜歡去議會啊！你看我們這個選舉，也是很dirty啊！可是怎麼辦？你就是要應付嘛。」
柯文哲表示，他一直覺得台灣不是一個很健康的社會，正常人在裡面都覺得很痛苦；媒體追問，是否會認為吳音寧是民進黨敗選的頭號戰犯？柯文哲反譏，「頭號還輪得到她嗎？」接著被問及認為誰是頭號戰犯，柯文哲表示，這種問題晚上看call-in節目就好了。
至於北農人事案，柯文哲不否認農委會已經給他看過新的名單，不過他表示，自己公開的講法跟私底下講的都一樣，就是說既然要派人選，那就派吧，另外他只希望專業就好，不過議會也是個問題。「專業人士、能夠應付議會就好。」
