台大論文案發生後，如何防範未來類似學術弊端再次發生，各界諸多聲浪，教育部終於制訂公告「專科以上學校學術倫理案件處理原則」，針對違反學術倫理的種類、利益迴避原則、以及列名作者等，均有清楚規範。
《科學月刊》前總編輯、宜蘭大學生物機電工程學系特聘教授蔡孟利看過這份5月31日新出爐的「專科以上學校學術倫理案件處理原則」後認為，此辦法可視為因為此次台大論文造假案而做的法規補強措施，並肯定教育部在論文造假案後的自我檢討以及改善的作為上，比科技部具體明快的多，「有看到教育部真切的針對此次台大論文造假案做出法規上的補強。」
論文掛名規定清楚界定
蔡孟利指出，其中，對於違反學術倫理的種類有明確的定義說明，比科技部的「科技部學術倫理案件處理及審議要點」中所述及的，清楚且詳細。在迴避原則的規定上，也比科技部的規定詳盡。特別值得注意的是，教育部增添了被檢舉人得申請特定人員迴避，其中有一項是「有具體事證足認其執行職務有偏頗之虞者」，很符合此次台大論文造假事件中，各級調查小組召集人的角色。
蔡孟利分析，教育部在學術倫理案件的處理方式上，增加「學術倫理案件，涉及國際聲譽或嚴重影響社會觀感，經本部學術審議會工作小組會議決議者，或涉及大專校院校長者，得由本部逕行依第二項規定處理」，很清楚的，也是因此次台大論文造假案所做的補強措施。
一直為人詬病的論文掛名問題，蔡孟利表示，在教育部此辦法的第四條中，將列名為作者的條件做了清楚的原則說明，包括「對所發表著作具實質貢獻，始得列名為作者」、「學生學位論文之部或全部為其他發表時，學生應為作者」、「所有作者應確認所發表論文之內容，並對其負責」。
同時，在此辦法的第四條中，將違反學術倫理之相關人員所應負的責任做明確規範。蔡孟利表示，值得注意的是第三項「重要作者兼學術行政主管、重要作者兼計畫主持人，對所發表著作，或指導教授對其指導學生所發表之學位論文，應負監督不周責任」，此項若對照之前所公布的「教育部公布國立臺灣大學郭明良團隊學術倫理案審議結果」，其內所明確指出的，楊泮池有「重要作者兼學術行政主管督導不周責任」，是以此條款，亦可視為因為此次台大論文造假案而做的補強措施。
教育部「專科以上學校學術倫理案件處理原則」全文：
一、教育部(以下簡稱本部)為處理違反學術倫理案件及協助專科以上學校建立學術自律機制，特訂定本原則。
二、本原則適用於專科以上學校學生及教師之學術倫理案件。
三、學生或教師之學術成果有下列情形之一者，違反學術倫理：
（一）造假：虛構不存在之申請資料、研究資料或研究成果。
（二）變造：不實變更申請資料、研究資料或研究成果。
（三）抄襲：援用他人之申請資料、研究資料或研究成果未註明出處。註明出處不當，情節重大者，以抄襲論。
（四）由他人代寫。
（五）未經註明而重複出版公開發行。
（六）大幅引用自己已發表之著作，未適當引註。
（七）以翻譯代替論著，並未適當註明。
（八）教師資格審查履歷表、合著人證明登載不實、代表作未確實填載為合著及繳交合著人證明。
（九）送審人本人或經由他人有請託、關說、利誘、威脅或其他干擾審查人或審查程序之情事，或送審人以違法或不當手段影響論文之審查。
（十）其他違反學術倫理行為。
四、對所發表著作具實質貢獻，始得列名為作者。學生學位論文之部分或全部為其他發表時，學生應為作者。所有作者應確認所發表論文之內容，並對其負責。著作或學位論文違反學術倫理經查證屬實時，相關人員應負下列責任：
（一）列名作者應對所貢獻之部分，負全部責任。
（二）列名作者其列名未符合國內外標準者，雖未涉及或認定其違反學術倫理，惟於因列名於發表著作而獲益時，應負擔相應責任。
（三）重要作者兼學術行政主管、重要作者兼計畫主持人，對所發表著作，或指導教授對其指導學生所發表之學位論文，應負監督不周責任。
五、學術倫理案件，檢舉人應具真實姓名及聯絡方式，並具體指陳對象、內容及檢附證據資料，經查證確為其所檢舉者，即進入處理程序；檢舉人提供之身分資料有不實情事者，以未具名檢舉論。前項檢舉案件，檢舉人未具名惟具體指陳對象、違反內容且充分舉證者，得依前項規定辦理。檢舉案件經認定與本部業務無關者，應轉請相關權責單位辦理。但被檢舉人申請案件於本部進行審查者，本部得為適當之處理。
六、學校應訂定學術倫理相關規定，包括學術倫理規範、權責單位、修習辦法、違反態樣、處理程序、處分條款及監管機制等規定，並依學校章則訂定程序辦理後，公告周知。前項所稱處分條款，指學校依法定權責範圍所定處分事項；監管機制，指針對研究計畫及違反學術倫理者之學術誠信，所定監督管理辦法；修習辦法，指學術倫理教育、研習之規定。
七、學術倫理案件，依下列方式處理：
（一）涉及學位授予案件：依學位授予法及其相關規定辦理。
（二）涉及教師資格送審案件：依專科以上學校教師資格審定辦法及其相關規定辦理。
（三）其他學術倫理案件：未涉及本部獎補助者，由學校依相關規定處理；涉及本部獎補助者，由學校先行查處後，將調查報告書報本部依第二項規定辦理。
（四）學術倫理案件，涉及國際聲譽或嚴重影響社會觀感，經本部學術審議會工作小組會議決議者，或涉及大專校院校長者，得由本部逕行依第二項規定處理。前項第三款及第四款學術倫理案件之本部處理程序，採初審及複審二階段審查：
（一）初審：
1、本部各業務主管單位應邀集相關學者專家成立審查小組，將學校認定情形，送請相關學術領域之學者專家至少三人提出審查意見。
2、審查小組認定被檢舉案件涉嫌違反學術倫理，應出具詳列事證、審查方式、違反學術倫理類型、具體處分建議之審查報告書。
（二）複審：審查小組初審結果認定被檢舉案件違反學術倫理者，應提送本部學術審議會工作小組會議審議。
八、學術倫理案件之各階段處理期限如下：
（一）學校查處：應於收件之次日起四個月內完成。
（二）本部初審：應於收件之次日起三個月內完成。
（三）本部複審：應於初審完成後一個月內完成。
前項各階段處理期限，必要時，得予延長。
九、學術倫理案件同時於其他機關審議者，得經本部學術審議會工作小組決議，停止審議程序。
十、被檢舉案件無確切證據足資認定被檢舉人違反學術倫理時，應將調查結果以書面通知檢舉人，並得分別通知被檢舉人及其所屬學校或機關（構）。針對違反學術倫理案件，除涉及學位授予及大專校院教師資格送審依各該規定處分外，其他違反學術倫理案件得按其情節輕重，對被檢舉人作成下列各款之處分或建議：
（一）書面告誡。
（二）撤銷或廢止本部委員資格、撤銷或廢止相關獎項，並追回部分或全部補助費用、獎勵（費）。
（三）一定期間或終身停止擔任本部委員、申請及執行本部計畫、申請及領取補助費用、獎勵（費）。
（四）參加一定時間之學術倫理相關課程，並取得證明。經認定違反學術倫理案件之處分，應以書面密件通知被檢舉人及其所屬學校或機關（構）。違反學術倫理者，本部得要求被檢舉人所屬學校或機關（構）提出說明，檢討問題癥結，提出改進方案，並將被檢舉人違反學術倫理行為之處分情形副知本部。第三項所定處分通知，應載明審議結果、處分種類、理由，及被檢舉人不服時之救濟單位及期限。
十一、學術倫理案件之評審過程、審查人及評審意見等相關資料，應予保密；受理檢舉、參與審議程序之人員就所接觸之資訊，應予保密。檢舉人之真實姓名、地址及其他足資辨識其身分之資料，學校及本部應採取必要之保障措施，避免檢舉人之身分曝光。
十二、本部應不定期公布違反學術倫理之各類態樣。本部受理涉及國際聲譽、嚴重影響社會觀感或大專校院校長之重大學術倫理案件，經學術審議會工作小組會議或全體委員會議決議，得對外為適切說明，不受前點規定之限制。
十三、學術倫理案件處理過程中之相關人員，與被檢舉人有下列情事之一者，應自行迴避：
（一）曾有指導博士、碩士學位論文之師生關係。
（二）配偶、前配偶、四親等內之血親或三親等內之姻親，或曾有此關係。
（三）近三年發表論文或研究成果之共同參與研究者或共同著作人。
（四）審查該案件時共同執行研究計畫。
（五）現為或曾為被檢舉人之訴訟代理人或輔佐人。
被檢舉人得申請下列人員迴避：
（一）有前項所定之情形而不自行迴避者。
（二）有具體事證足認其執行職務有偏頗之虞者。
相關人員有第一項所定之情形而未自行迴避，或其執行職務有偏頗之虞者，審議單位應依職權命其迴避。相關人員，得自行申請迴避。委託送請審查之專家學者，其迴避準用本點規定。
十四、本部於處理學術倫理案件時，得視案件需要，請被檢舉人現任或先前所屬學校或機關（構）協助調查，並提出調查結果及相關資料送交本部審議。學校針對經本部審議確定違反學術倫理案件之教師或學生，應提出其監管計畫，強化其學術倫理教育及研究資料管控機制等，並報本部備查。
十五、學術倫理案件經認定無違反學術倫理之情事者，檢舉人再次提出檢舉，除有具體新事實或新證據外，學校或本部得依前次審議結果，逕復檢舉人，不另行處理。
十六、學校未健全第六點所定學術倫理相關規範、對於違反學術倫理案件未積極配合調查、查處程序有疏失情事、有重大管理疏失或其他不當之處理行為，納入本部各項獎補助及研究所招生名額核定之參據。
十七、本部得成立專案辦公室，執行學術倫理教育之推廣及諮詢、協助國內外相關資料之搜集、本部案例彙編、案件專業意見之提供及政策建議等。
