教育部今（13）日公開新的「高教深耕計畫」的經費分佈與指標設定，教育部長潘文忠直言，在過去諸如「邁向頂尖大學計畫」（俗稱五年五百億）與教學卓越計畫等經費的發放上，發現其實講各領域研究中心的成效「有些模糊」；教育部政次姚立德與高教司長李彥儀也直言，五年五百億主要都用在建設上，這次新的計畫則希望要有至少一半以上的經費能用在教學品質的改善，讓學生有感。
潘文忠強調，今年度推出的高教深耕計畫，其實是過去諸如邁頂計畫（五年五百億）與教卓等多項競爭型經費的整合與延伸，不僅在提案及審核過程更加嚴謹，也進一步要求學校應至少將一半以上的經費用於學生的教學，更進一步在「強化國際競爭力」與「大學社會責任」等，分別獨立投入經費，佔53億以及25.7億。
潘文忠指出，過去研究中心的成立與運作，是內含在邁頂計畫經費當中，卻沒有獨立進行審查，後續檢討有發現，各領域研究中心的成效「有些模糊」，但是高教深耕計畫希望能夠延續過去的研究成果，因為研究中心是國際上的趨勢，深耕計畫將獨立補助每個研究中心最高5000萬。
政務次長姚立德也強調，在過去10年來，很多學校把經費用在學校的建設上，像台大就蓋了非常多的大樓，該有的硬體建設已經「差不多了」；高教司長李彥儀也指出，這次經費跟以前不一樣的地方在於，會直接放給學校作統籌運用，不會把項目切割得太細，讓學校可以真正落實到學生學習、老師教學現場，以及學生活動上面，相信學生會感受更多。
李彥儀也表示，除了50%用於學生學習之外，另有最多20%是可用在師資聘用上，但學校也應注意，除非聘用的是助理職，否職以深耕經費增聘的老師，若未來要解聘、停聘，也同樣適用《教師法》的規定，學校不能只考慮5年的經費，未來儘管經費停止，或是辦學不佳而經費減少，也應使用自籌經費支應人事。
有關未來管理考核的部分，李彥儀指出，配合資訊公開的政策，各校的辦理成果也都要上網，不僅是教育部要求的指標，更有很多指標是由學校自訂，也會要求學校自己上網，讓社會各界來共同追蹤，涉及學生學習面的項目，在審查人員現場考察時，學校也應該邀請學生共同參與。
