《民報》日前推出「HPV疫苗解碼」系列報導，針對疫苗目前出現的可能副作用通報、不良反應監控、適應症外使用浮濫及國內外的個案狀況進行剖析，包括：
HPV疫苗解碼／新疫苗登台！「嘉喜9」更強、更貴，副作用也可能更大？
HPV疫苗解碼／打不打都難安！日女學生集體提告 台灣不良反應通報曝光？
HPV疫苗解碼／13歲前，她愛打球、跳舞；如今，她的人生限縮在輪椅上
HPV疫苗解碼／適應症外使用普遍 產後婦女被鎖定推銷
引起衛生福利部主動回應，立委與相關團體也對此議題表示關切，將持續監督。
立委吳焜裕：公衛施打立意良善 但通報機制需完整
衛福部國健署癌症防治組長吳建遠表示，針對此一系列報導中專家學者提出的意見，讓HPV疫苗資料庫建置及接種前衛教更加強化。在資料庫建置部分，政府目前只能蒐集公費接種者的資料，「自費部分雖已施打百萬劑，但礙於個資問題，若是自費接種者不願意提供資料，政府也力有未逮，如果環境成熟，民眾也都同意提供資料給國健署，務必會建置得更完善」。
對於國外傳出一些嚴重作用的案例，吳建遠表示，國健署也會強化接種前衛教，例如施打這個疫苗的保護力為何？可能的副作用是什麼？並且也會加強接種後要再做抹片這部分的衛教，提供更完善資訊給民眾，不讓民眾覺得「接種這個疫苗後好像萬無一失」，還是要注意後續的追蹤。
吳建遠說，目前國健署的公費接種作法是寄出同意書後、還會再附上衛教資料，接種後再附上一支「通報專線」，如果有副作用可以及時通報；但縣市政府的作法不見得那麼完整，會再去了解各縣市作法，希望都能更加完善。
國健署也指出，衛福部自2011年起執行HPV疫苗偏遠及經濟弱勢族群公費施打計畫，即對接種者建立通報不良反應機制，至2015年底止施打約5萬劑，共接獲通報113件（約千分之2.3），暈針32件(約千分之0.6），最多為發燒，次為注射部位紅腫、噁心嘔吐及頭痛，無死亡案例。
民進黨立委吳焜裕指出，衛福部對於中低收入及離島地區少女補助公費HPV疫苗，可說是良善的政策，體貼較為弱勢的青少女。惟疫苗安全性評估要更完善，而且副作用通報機制也要暢通完整。他在立院會持續關注這個議題。
英國不良反應通報居冠 台灣去年通報個案竟為「0」
食藥署也透過其全國疫苗不良反應通報及監測系統蒐集資料，只要懷疑與疫苗接種相關的任何不良反應，均可通報。但經專家評估，該署表示尚未觀察到須採取相關措施之疫苗安全疑慮。
《民報》取得一份2014年立法院向衛福部取得的資料顯示，國內兩家生產HPV疫苗的默沙東(MSD)「嘉嘉」四價疫苗及葛蘭素史克(GSK)「保蓓」兩價疫苗，共出現37例嚴重不良反應通報，其中有23人住院、1人永久性傷殘。同時，搜集英國資料也顯示，該國HPV疫苗不良反應通報個案超過流感、排名所有疫苗首位，更出現許多纖維肌痛與直立不耐症、必須坐輪椅的疑似副作用個案，儘管台灣與英國疫苗專家都判定「與疫苗無關」，但亦有風濕免疫科醫師認為，不能排除有致病的「嫌疑」。
但再向食藥署查詢後，食藥署竟表示，去年度國內HPV疫苗不良反應通報個案為「零」。其中，通報機制是否確實，仍不免令人質疑。
女人連線黃淑英：應再追蹤接種者健保資料
長期關注HPV疫苗安全性的女人連線常務理事黃淑英表示，衛福部實施特定族群HPV疫苗公費施打，已花的錢要有代價回收。首先，必須建置完善的資料庫，自費接種者礙於個資問題可能蒐集資料不便，但公費施打的部分務必在「接種同意書」上載明「日後將追蹤接種者的健保資料」等訊息，讓接種者知悉了解後才決定是否同意接種，如此追蹤方能了解此疫苗的保護年限有多久？高風險的16和18型真的有減少嗎？接種者是否仍罹患子宮頸癌？其它型別的HPV感染有增加嗎？會不會產生病毒替代效應呢（Replacement Effect）？
黃淑英並提出警訊，如果接種時沒有同時做好健全的衛教，極可能讓接種者誤以為這個疫苗是在預防性病的，日後性行為連保險套都不戴了，「甚至也以為不必再做追蹤、不必再抹片，這樣反而讓子宮頸癌防治和性病防治的公衛體制崩壞。」
此外，黃淑英強調，HPV疫苗副作用通報機制必須建置得更完善，讓接種民眾都知道如何通報。現在衛福部的不良反應通報系統做得很差，因此通報數偏低是預料中的事，很多人根本不知道如何通報，加上通報系統很紛沓，以此疫苗來說，可能會搞不懂究竟是要跟疾管署、國健署或食藥署通報，應在事前就要讓接種者清楚掌握相關資訊。
