武漢肺炎（COVID-19）疫情嚴峻，大甲媽將在3月19日起駕展開9天8夜的遶境活動，引發外界憂慮，但鎮瀾宮董事長顏清標表示「媽祖會保護大家」，副董事長鄭銘坤則說「如果封城就不辦」，中央疫情指揮中心指揮官陳時中坦言「確實令人擔憂」，將與相關宗教領袖討論；對此，台北市長柯文哲今（25）日表示，可以舉辦，但要修正，如戴口罩、不設小吃攤等。
柯文哲今天前往社子國小視察開學日的校園防疫工作，針對大甲媽祖遶境是否該停辦一事，他在聯訪時回應，完全停辦影響很大，照常舉辦，影響也很大，他以台北燈節為例，需要配戴口罩及不准設置小吃攤，因為如果要吃東西，拿下口罩就有可能群聚感染，他認為大甲媽祖遶境以台北燈節的作法，可以舉辦，不過要做很多修正，但是後來台北燈節的參加人數大約只剩下7成。
關於日本、南韓警示等級提升，但北市的日韓遊客還是很多，該如何因應？柯文哲表示，這就是為什麼當台灣被美國列為社區感染這麼在意，因為國際上有一定的標準，如果被貼上標籤，很有可能造成航班停航或是列為旅遊危險的影響很大，而台灣既然是國際社會的一員，也不能自己訂標準，所以就按照國際的標準，當WHO定義為旅遊危險區，就按照這個分級去處理。
柯文哲昨天提到現在要「順時中」，衛福部長陳時中則說，中央地方要好好合作，大家要面對的是病毒，不是人，柯文哲今天回應，沒問題，他只是喜歡開玩笑而已，被問到否覺得現在講什麼都不對？柯文哲笑稱「不是一直以來都這樣子嗎」？他說，目前武漢肺炎才是當前最主要的敵人，等這件事情過後要口水戰再來，現階段還是先將該做的事情先處理。
他認為，台灣的疫情還沒開始，如果每天這樣一個一個都還可以應付，但不要像韓國這樣一天出現200例，這樣系統會崩潰，所以在中國疫情還沒控制前，台灣都處於危險狀態，畢竟就在旁邊，台灣要維持每天一個一個這種情形，直到中國疫情有辦法真正控制，台灣才有辦法真正解除危險，到現在為止，台灣還是處於危險狀態，在危險狀態，辦正事要緊，就不想跟他們口水戰了。
