電台主持人周玉蔻指馬英九收受頂新2億元政治獻金，馬於12月30日委請律師到台北地院提起民、刑事告訴，控告周加重誹謗，求償1000萬元，並在4家報紙頭版刊登道歉啟事。從提告的那一刻開始，馬已掉入為自身清白辯護的漫長官司當中，和陳水扁總統第二任後期的狀況，如出一轍，無疑是歷史的最大嘲諷。馬英九最終會不會因為收受頂新或其他企業的不當捐款，致身陷囹圄，國人及國際社會必然保持最高度的關注。
在馬正式向台北地院提告之前，特偵組已對頂新獻金案展開多波約談行動，包括周玉蔻、前國安會副秘書長張榮豐、前總統府副秘書長羅智強、馬英九的辯護律師宋耀明等，都被約談過，特偵組也已對魏應充完成就訊，後續還將約談被周玉蔻點名的一干部長高官。僅管特偵組動作頻頻，煞有其事，外界並不抱太多期待。主要原因是偵組檢察官由檢察總長任命，檢察總長又經馬英九提名，單憑這層關係，就沒有人相信特偵組辦案的決心。
另外一個原因是，特偵組過去的紀錄太黑，甘為政治鷹犬，充當政治打手，公信力完全破產。例如馬王鬥爭中，前檢察總長黃世銘竟夜奔總統官邸，洩露偵查中案件，又大膽監聽國會議員，公然介入政爭。更不要說，為了整肅異己，遂行政治辦案，肆意羅織阿扁罪名，使出極不入流奧步，企圖主導案情發展，違背偵查不公開及無罪推定原則，選擇性洩露情資給特定媒體，藉不肖名嘴加油添醋，煽情演出，把扁案描繪成懸疑離奇、光怪陸離的一齣連續劇，對扁家名譽造成莫大傷害，其目的只是為了醜化阿扁，抹黑反對黨的領導人。
透過這個由馬英九任命、紀錄不佳、隨時會被裁撤的機關，來調查馬英九有無收受不法政治獻金，不足以說服國人。外界甚至懷疑，特偵主動出手，只是在幫馬護駕，探查周玉蔻及一干人證到底掌握多少事證，以利政治運作，辦到最後，就是虛應故事，不了了之。馬對周玉蔻提出刑事加重誹謗罪及民事妨害名譽罪，在地檢署檢察官介入偵辦之後，情勢則可能出現改觀。如果本案有幸落到正氣凜然的司法官手中，認真查辦下去，馬脫身的機會就會降低，卸任後被關的機率也會升高。
九合一選前頂新爆發黑心油事件，當時網路媒體透露，馬團隊曾收受魏家十億元捐款。連勝文的競選總幹事蔡正元自爆頂新曾表明要捐二千萬給連勝文。選市長都有這個行情，選總統要「寄付」多少，就不用多說。何況，魏應充還出任馬英九工商後援總會副總會長，按常理也會有所「進貢」。周玉蔻指馬收受頂新2億元，張榮豐說，頂新政治獻金的行情頂多2億。段宜康確知2008年有電子業集資2億幫馬助陣。學界名人提到兩家電子大廠各捐了5億。國民黨立委蔡正元說，林德瑞打電話給連勝文競選幹部李德維，勸阻連營不要「滅頂」。國民黨立委謝國樑也說，從總統作法來看，確實看出「對頂新集團有很大包袱」，並表示可能在選舉時，頂新提供了「支持」，所以「拿人手軟」。
頂新政治投資正確，為集團帶來豐厚利潤，包括司法紅利、經貿紅利、農業紅利、金融紅利、特許紅利。壹周刊爆料，去年初頂新集團四董魏應行，到總統府向馬總統專案簡報，打算把台灣農特產輸往大陸，馬指示農委會配合。去年爆發大統黑心油事件，高振利今年七月被判重刑，北檢對同案的味全公司卻一再拖延，外界批評檢方是看政治辦案。頂新利用康師傅回台發行ＴＤＲ（台灣存託憑證），用這些錢掃樓、獵地，拿下一○一股權，同時進軍電信及有線電視系統。如果後台不夠硬，朝中沒有門神，頂新如何兩手空空，卻能返台大吸金，又被馬政府視為鮭魚返鄉代表作？
頂新是否因為政治捐獻享受巨額紅利，政治獻金與集團獲益之間，有無牽涉對價關係，正待司法究辦。周玉蔻指證歷歷，強調頂新就是因為大方捐輸，才會獲得政府好康回報，兩者之間密切相關。周強調，她的消息經過四方查證，又和北京消息來源相互比對。可見周的指控絕非捕風捉影，而是用心查證所得，雖然不等於直接可用的證據，卻是重要的辦案線索。台北地院或特偵組只要真心依法究辦，將頂新捐款、頂新所獲優於一般企業的待遇，以及周玉蔻所指馬政府有人充當頂新門神，三者相互比較勾稽，自然可以追出三者的因果關係。對特偵組來說，國人正以放大鏡看它如何表現，頂新獻金案是特偵組自我救贖的最後一次機會。
