鮭魚含有大量的Omega-3脂肪酸，高蛋白質，低飽和脂肪酸，可以降低成年人罹患心血管疾病的機率以及促進幼童的大腦發育，因此國外營養師建議每星期吃兩餐魚肉。過去專家建議消費者購買野生魚類，但是近年來的研究顯示，養殖魚類環境已經有很大的進步，鮭魚養殖場在全球及急劇增加，全球養殖鮭魚產量超過250萬公噸，大約是野生鮭的3倍。估算全球鮭魚養殖跨過百億美元規模，2015年養殖鮭魚總值將近120億美元。
只是這些年來受到全球暖化、箱網養殖造成周遭海域污染、捕食魚蝨的魚數量減少等影響，魚蝨數量激增，養殖鮭魚普遍發生嚴重的魚蝨問題。魚蝨（Lepeophtheirus salmonis）會附著在鮭魚身上靠宿主的血液、黏液、和表皮組織維生，造成鮭魚皮膚潰爛、引發二次感染、帶入其他病原菌（如TSA、癤瘡病等）、成長不佳、魚體死亡等。對稚魚影響較成魚大（平均1-2隻魚蝨就可以殺死鮭魚稚魚），特別是養殖密度越高的養殖場，感染問題越嚴重。許多重要養殖地區如挪威、智利、蘇格蘭、美國、加拿大等都無一倖免，不僅造成養殖鮭魚產量大幅減少給養殖者造成了數以百萬計美元的損失，也導致鮭魚市場售價提高50％。
傳統使用殺蟲劑雖然可以殺死魚蝨，生產成本提高近30％，但是卻會造成海域汙染與人體健康威脅，引起環保團體強力反對，也造成魚蝨產生抗藥性、殺蟲劑及抗生素用量大幅增加。環境科學家建議業者把養殖場移到更深更冷的海域讓魚蝨難以生存，但這涉及到高成本不為養殖業者接受。目前多嘗試使用溫水沖洗（34度℃沖洗20秒也會造成魚損失），水下雷射殺死魚蝨、蓄養清除魚蝨的清道夫魚如隆頭科魚（Wrasse），也在積極研發鮭魚疫苗，目前還是沒有足夠的工具可以提供給養殖業者有效來對抗魚蝨。估計每年花費至少10億美元來去除魚蝨、病毒及其他疾病。美國及大不列顛哥倫比亞要求每月檢測養殖鮭魚是否有被魚蝨感染，當一尾魚身上有3隻魚蝨就要處理。鑑於環境潔淨與否對養殖鮭魚和魚施有顯著影響，為提升沿海水域的環境，保持其水質優良和可持續性利用，挪威政府規定：鮭魚養殖海域，每養殖2年需要「休養」一年，讓海域休養生息，恢復純淨，值得台灣規畫沿近海養殖重要參考。
消費者擔心吃到有魚蝨的鮭魚會不會對身體造成傷害。業者表示魚蝨只存在魚體表面不會到魚肉所以不會造成人類健康風險；有專家認為除非吃很大量否則吃鮭魚還是好處多過風險；但也有學者認為魚蝨所引發二次感染還是很可能帶來健康風險，還是減少生食的機會。目前國外尚無吃到有魚蝨鮭魚對人體有影響的實例。其實多數魚蝨在收成及加工過程已被清除，聯合國食品法典委員會的《魚和漁業製品操作規範》就可供生食的魚類有提供清晰指引，這類魚須在-20°C或以下冷凍7天；或在-35°C冷凍約20小時，以殺死魚內的寄生蟲。消費者如有疑慮則以熟食為宜！
我國官員表示目前對於魚蝨部分在邊境沒有列入例行性的檢查項目，不過依照一般食品的衛生標準，不可以含有寄生蟲，如果業者屆期不改正，可以罰3萬到3百萬。台灣每年自國外進口2萬多公噸的大西洋鮭魚，衛福部還是應該隨時掌握有關魚蝨的最新資訊並將其列入監控項目，特別是處理魚蝨所使用的殺蟲劑、抗生素等，以免影響國內養殖漁業及消費者食用健康。而公開透明的資訊是解除民眾疑慮的最好方法，面對魚蝨疑慮政府請公開釋疑！
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