新加坡原本屬於英國的海峽殖民地，因為麻六甲、以及檳城在1946年4月加入馬來亞聯邦，剩下的新加坡只好獨自成為皇家殖民地。英國在1948年開放新加坡立法會議局部選舉，主要政黨都認為新加坡必須先獨立、再談與馬來亞的合併。譬如：保守的新加坡進步黨主張馬來亞應該先修憲平權再說，其競爭對手新加坡工黨黨魁林有福表示，與馬來亞即刻合併不啻把石磨掛在新加坡的脖子上。
進入1950年代，主要政黨有共識新加坡不可能獨自獲得獨立，訴求上調整為先自治、再談獨立，特別是英國允諾通盤開放立法議會選舉，與馬來亞合併成為兵家必爭的議題。勞工陣線在1955年的大選出乎預料勝出，黨魁David Marshall組聯合政府出任首席部長，他在1956年率團前往倫敦要求一年內獨立，未果憤而辭職，接手的林有福在1957年重啟談判，英國同意讓新加坡在1959年自治。
李光耀所領導的人民行動黨自始主張，新加坡除非與馬來亞合併、否則不可能獨立，甚至於危言聳聽「新加坡如果拒絕與馬來亞合併無疑就是自殺」。人民行動黨在1959的選舉大勝，李光耀出任首任的自治政府總理，上台後即著手新加坡加的馬來化，譬如：將馬來語列為國家語言，限定最高元首由馬來人擔任；他在1961年還寫了一篇說帖提醒英國、及馬來亞的閣員，萬一新加坡自行獨立，政治權力很可能落在那些具有中國心的團體手上，他們一定會跟共產中國維持親密的文化及經濟關係。
馬來亞首相東姑拉曼於1961年5 月前往新加坡發表「更緊密的關係」歷史性演講，可見納入的心頭已定。然而，他有兩項堅持，一是華人不多的英屬婆羅洲必須共同加入，二是新加坡可以維持特殊地位、享有較多的自治權，卻必須同意降低在聯邦國會的席次，掛心的就是萬一華人取得政治支配；在東姑拉曼構思中，這是一種「具有共同認同的伙伴」，宛如北愛爾蘭與英國的關係。
在8 月，李光耀與東姑拉曼經過三天會談取得初步共識、並於24日發表聯合公報，合併白皮書的初稿在9月出爐：新加坡在合併後將可以維持自由港地位、享有教育及勞工政策的自治、保有75%的財政收入、新加坡公民將可變成國民，相對地，新加坡同意只分配到聯邦眾議員總數159席中的15席，比人口比例還少10席，以交換較多的自治權。
針對合併協議的文字，李光耀決定將選項付諸沒有約束力的公投。在討論合併公投內容的過程，李光耀爭取檳城的地位、再加上教育及勞工政策的自治，然後讓選民決定到底要100%的自治、還是沒有教育及勞工政策自治，東姑拉曼則認為簡單明瞭就好，也就是贊成或反對李光耀要的自治模式；終究，李光耀因為不願意冒風險而沒有接受馬來亞方面的建議，決定不用是非題、採用不會被否定的選擇題方式。
合併公投在1962年舉辦，政治整合的方案有三，投票率90.6%，在有效票當中A案397,626票（95.8%）、B案9.422票（2.3%）、C案7,911票（1.9%），而空白票（143,077）加廢票（2,523）則佔了投票者的25.9%，實際上是73.9%贊成整合；當時的新加坡選民62萬、有一半不識字，投票率會那麼高，是因為不投票要罰錢。在英國的媒合下，馬來亞聯合邦在1963年結合新加坡、沙巴、及砂勞越成為馬來西亞聯邦。
在1965年，新加坡被迫退出馬來西亞聯邦、自行獨立建國，那又是後事了。
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