「自由經濟示範區條例」是馬政府繼服貿之後積極推動的財經政策，前經建會主委陳博志強烈批評，示範區一國兩制的區內區外差別稅制，以及完全以政府自由心證認定可進入產業，等於形成一個「特權示範區」的新「租界」。而中興大學應用經濟系教授陳吉仲則憂心忡忡的說，修正後的農業加值相關條例等於沒改一樣，未來食品業不但將上演真假MIT大戰，對本土農業的傷害，恐比WTO、FTA的衝擊還大。
台大經濟系、永社23日舉辦自經區系列首場「自經區條例＆開放農產品」座談會，前金管會主委施俊吉指出，這份自經區條例所納入的產業規劃，完全看不到關鍵性技術的建立、也沒有考量通路、品牌和市場，看不到整體策略的規劃，不知為何而立，當經濟危機出現時，產業面臨的困境仍會再現。
施俊吉將自經區條例草案按章節分析指出，第一章辨識教地方政客如何擴編組織，因為允許地方設立自經區管理機關與自行設置「基金」，那麼屆時各個地方政府都有，便能收管理費、賺更多的錢。第二章則是教地方政客怎麼圈地，第三章教外國人、中國人如何來台工作，第四章就是減稅，第五章繼續減稅，第六章則是野生觀賞魚不受保護，國際醫療可以唯利是圖，第七章則是不必出國也可以念國外名校EMBA，三師（會計師、建築師、律師）可以來台職業，第八章不遵守如何處分，第九章則是「不喜本條例無妨，十年後落日」
他抨擊，若是純示範區的概念，應該不會為特定產業訂立特別章節，同時也看不到產業戰略跟願景，政府怎麼會訂出這種條例？
而陳博志更是直指這個示範區就像政府蓋了很大的違章建築，訂立霸王條款，只要政府認可的產業，在區內的企業就可以享有免稅特權。陳博志指出，政府在示範區草案中將特區示範事業分為第一與第二類，第二類不需在實體區內，但僅限於服務業，這對區外的工業不公平，尤其是條例中只有部分產業像是國際醫療和教育列入，其他產業是「空白授權」給主管機關決定，如此將形成區內區外的一國兩制，企業能不能得到特權也有法定和人治兩種。
陳博志強調，政府官員還說了一個最可怕的特權條件，就是必須找到海外投資的財源，這對一向留在台灣努力的企業與員工股東不公平，這種有外國資金才能享受的「租界」，等於狗跟台灣人沒有外資相伴不能進去。
陳博志主張以訂定「產業自由化推動條例」取代「自由經濟示區條例」，他認為，採逐步自由化比設特區更好，如逐步降低限制的程度，且降低的優惠適用全國；或先對部份產業、企業自由化，再逐步擴及其他產業和企業，應是較合理、公平且有助產業發展政策的做法。
中興大學應用經濟系陳吉仲則對自經區農業加值的作法感到憂慮，陳吉仲說，馬政府上任最大承諾就是不會開放中國830項農產品進口，但自經區允許原料加工後變成非管制食品就可以內銷。
他解釋，目前台灣對中國花生管制，但如果把花生放到示範區進行食品加工後，變成非管制的花生醬，那麼就可以內銷台灣，蕃茄、茶也是一樣。尤其是目前台灣花生產地價格每公斤（以下均是）約43元，中國出口花生35.4元，廠商為了降低成本，會採購哪裡的花生當原料？蕃茄台灣產地價格35元，中國蕃茄才14元，台灣茶葉產地價格452元，中國茶葉價格才90元。
陳吉仲說，從這些原料價格差距，廠商未來勢必將採購便宜的原料進行食品加工，當示範區同意可以貼上MIT標籤銷售之後，這些商品到底還是不是MIT？他抨擊政府單位中做出這份農業加值的規劃者，根本不懂台灣本土農業的現狀，政府也從未評估本土農業中，管制與非管制各項農產品的用於加工比例情況，自經區只是讓中國農產品變相進口，甚至WTO等管制農產品也可以堂而皇之進來，這豈非抹煞了過去多少談判人員的努力？
陳吉仲表示，國發會日前修訂農業加值相關的示範區條例33、41、47條，但細究仍跟沒有修改一樣，更何況38條一直沒講清楚的區內區外課稅問題以及全球僅有對於農產品給予「一次到位」的零關稅超級優惠，一旦示範區通過後，只看到對食品加工廠的成本降低有利，卻對台灣農產品不僅毫無加值，更可能造成比WTO、FTA等任何貿易協定更大的傷害。
