媒體報導，促進轉型正義委員會22日召開「威權統治時期司法體系檔案應用研商會議」，請司法院、法務部、檢察官和法官協會等單位與會，要求調取威權時期司法官黨籍、自傳等資料，引發司法官質疑「思想檢查」，對此，促轉會今（23）日澄清，還原威權統治時期司法體系運作之歷史真相，是研究司法體系被政黨化的開始點，預計向司法院等機關調取相關檔案資料，依促轉條例得合法調用，並沒有任何「思想檢查」的計畫。
促轉會說明，1992年司法院及法務部在立法院要求下，通令各法官及檢察官退出政黨活動，隔年人民團體法明文規定政黨不得在法院設置黨團組織，到2012年法官法施行，聲明退出政黨之法官占法官人數24％，聲明退出政黨之檢察官則占檢察官人數18%。促轉會是為了對威權統治時期法官與檢察官參與政黨之情形作整體性研究，因而向各機關調用相關檔案。
促轉會指出，報導中提到該會調取大法官解釋檔卷，為該會與司法院協調，希望調用涉及鞏固威權統治的大法官解釋會議紀錄及參考資料，包括第一屆中央民意代表長期無法改選、參加叛亂組織罪之構成要件遭擴張解釋，以及非現役軍人得受軍法審判等議題，此批大法官解釋相關文件，除了日前在立法院引發立委關注要求列入政治檔案移轉外，亦長年為學界所期待，以期進一步了解大法官意見形成過程之考量，並深入研討其對台灣民主憲政秩序的影響。
促轉會表示，該會依《促轉條例》第14條所賦予的權限，向各機關調取相關檔案，涉及個人資料的部分檔案，因還原歷史真相的調查為增進公共利益所必要，依《促轉條例》第16條第5項得合法調用，促轉會對這部分歷史真相的還原，僅作體制性、脈絡性研究，除以檔案作為基礎外，也搭配進行訪談；報告不針對任何個人，若需使用，將盡可能去識別化，也不會有僅憑檔案即將黨籍與個案結果作直接連結的呈現。
促轉會強調，這次調取涉及個人資料部分檔案，僅會使用在該會任務總結報告中，該會無權、亦不會直接對外開放應用，同時限制業務承辦人才有閱覽權限，相關使用方式也必定合乎個人資料保護法、檔案法等相關規定，期與各機關一同努力還原歷史真相，落實轉型正義。
