美國加州橘郡法醫所驗屍官辦公室證實，前新光醫院副院長黃芳彥自殺身亡，頭部中彈，非外界傳聞服藥過量。
橘郡警察局法醫辦公室公開資訊，黃芳彥遺體已解剖完畢。當地華文媒體報導指出，黃芳彥持槍自殺，事發地點在加州橘郡的爾灣市（Irivne），死因待警方確認。
黃芳彥逝世消息經證實之後，前總統陳水扁在臉書哀悼，提到1月16日黃芳彥還打電話對扁媽過世表達哀悼與慰問之意，「不過十二天就聽到黃的死訊，簡直沒辦法相信這是真的」。
陳水扁說，「好友芳彥兄的死，不禁讓我想起2003年抗煞期間，當台北市和平醫院在四月廿四日封院後，黃醫師跑到玉山官邸跟我報告封院是不對的，建請總統站出來召開國安高層會議才能有效解決。由於我沒有這一方面的專業和經驗，我要黃醫師私下跟行政部門及北部醫學中心的大院長溝通協調，必要時總統再出面處理。」
陳水扁說，根據當時三軍總醫院院長陳宏一回憶，4月25日，行政院應變會議召開前，黃芳彥邀請國防部副部長林中斌和陳宏一了解，三總成立專責醫院可能性。經協調後改由國軍八○七總醫院成立。
陳水扁說，當卅六小時抗煞大作戰完成，黃芳彥自告奮勇說，要以生命住進國軍八○七總醫院的專責醫院，全天候陪同醫護，直到疫情解除。黃醫師同時寫好遺囑，交代後事。「2003年有很多出名的抗煞英雄，黃芳彥醫師絕對是非常重要的功成不居『無名』英雄。
高雄市議員陳致中表示，黃芳彥赴美國後，雙方久未聯絡，聽到消息後感到震驚、遺憾。
黃芳彥台大醫學系畢業後，曾任台大醫院麻醉科醫師、副教授。離開台大後，到新光醫院擔任副院長兼麻醉科主任。1985年吳淑珍出車禍送到台大治療，黃當時擔任麻醉醫師，並負責復健，兩家建立深厚交情。
2000年陳水扁就任總統後，黃芳彥擔任總統醫療團召集人，有「第一家庭御醫」之稱。2002年發生SARS事件，黃芳彥扛下重擔，接任專責醫院國軍松山醫院總指揮。
黃芳彥被控替前第一夫人吳淑珍洗錢2.8億元，以及替吳保管鑽石等珠寶，成為扁案中首位被通緝被告。特偵組當年傳拘黃芳彥未果，2009年1月發布通緝，並由外交部註銷其台灣護照。
黃芳彥出身南投望族，父親黃維騰曾擔任台中客運和台中七信總經理，母親張愛信則是前台中市長張啟仲的妹妹。兄弟5人都是醫師。他與擔任物理治療師的妻子育有2子，但大兒子和妻子相繼去世。
黃芳彥胞弟黃重彥表示，自嫂子和姪兒去世後，哥哥和小兒子相依為命。黃芳彥捲入弊案滯美，他希望姪子能了解爸爸是清白的。
