癌症具有不同類型和程度的「腫瘤內異質性」
換句話說，在不同的癌症類型和亞型之間和之內，存在非常不同的突變率，數量和類型。在不同的癌症類型和亞型中，以及在整個癌症進展過程中，哪些因素，如何以及多少是重要的，這是一個很難解決的難題。進一步複雜化的是，癌症可能包含細胞的幾個亞群（或多個進化的譜系），每個譜系中的突變數量和類型不同。也就是說，癌症具有不同類型和程度的「腫瘤內異質性」。因此，首次診斷出癌症時採集的腫瘤樣本可能僅代表動態過程早期的一個亞群。這樣的樣品可能不能代表與抗藥性晚期疾病最相關的基因組變化。然而，我們需要更好的工具來更有效地干預晚期疾病。大多數癌症（如果及早發現）可以相對有效地治療。
所有這些都將是足夠具有挑戰性的，但是癌症分類還面臨著進一步的挑戰。與在不同組織或器官中發生的癌症相比，在同一組織或器官中發生的癌症在遺傳上可能更相似。或者，「起源細胞影響但不能完全確定腫瘤分類」（Hoadley等人，2014，2018）。基因組信息遠沒有提供將所有癌症分類為Linnean分期的方法，而是產生了哲學家所謂的交叉分類（Khalidi，1998）。人們可能會認為，為了進行分類，遺傳特徵應該勝過組織或起源細胞。但是事實證明，體內癌症的發生位置非常重要。發生癌症的組織和器官的特徵以復雜的方式影響著疾病的發展過程（Öhlund，2017; 菲斯勒等，2016）。此外，表觀基因組學，蛋白質組學和轉錄組學以及「規整」學的興起對分類提出了進一步的挑戰，這表明需要補充基因組信息。例如，事實證明癌細胞中的microRNA發生了變化-非編碼RNA會影響基因的表達-會影響癌症的發生，進展以及對藥物的反應（Hrovatin等人，2018）。這只是在癌症因果關係中起重要作用的幾個「外基因組」因素之一，因此，大概應該在告知癌症分類學中至少起部分作用。事實證明，癌細胞中microRNA的變化—非編碼RNA會影響基因的表達—會影響癌症的發生，進展以及對藥物的反應（Hrovatin等，2018）。這只是在癌症因果關係中起重要作用的幾個「外基因組」因素之一，因此，大概應該在告知癌症分類學中至少起部分作用。事實證明，癌細胞中microRNA的變化—非編碼RNA會影響基因的表達-會影響癌症的發生，進展以及對藥物的反應（Hrovatin等，2018）。這只是在癌症因果關係中起重要作用的幾個「外基因組」因素之一，因此，大概應該在告知癌症分類學中至少起部分作用。
家族病史和遺傳突變、生活史、環境及感染，炎症和免疫反應史
這並沒有窮盡所有與癌症發作相關的因果關係，因此也沒有（至少潛在地）分類。家族病史和遺傳突變（相對於體細胞突變），生活史（例如，胎齡或孩子數量以及初生年齡），環境暴露以及感染，炎症和免疫反應的歷史，對癌症的發病年齡有不同的影響。發作，進展速度，組織病理學和對治療的反應。例如，傳染原（例如HPV-或HCV-）與子宮頸癌和肝癌以及某些比例的食道癌有關（Cancer Genome Atlas，2015）。前列腺癌和乳腺癌與荷爾蒙環境有關，荷爾蒙環境又受胎次（懷孕數）的影響。「與懷孕相關的」乳腺癌是在懷孕期間或之後不久發生的癌症（參見，例如，Schedin 2006）。同一組織或器官中的「相同」癌症可以分類為「體細胞」或「家族性」，部分原因是病人是否具有遺傳突變，例如患有李弗拉曼尼綜合徵的病人。吸煙相關的肺癌和非吸煙相關的肺癌在遺傳，表觀遺傳和表型上是不同的（即，在總體病理學，進展過程以及對治療的反應方面）。這幾個因果因素中的哪一個應該在分類中集中體現？
根據人們對癌症因果關係的細粒度描述，可能存在成百上千種癌症類型和亞型。目前尚不清楚是否有一種因果依據的明顯選擇能最好地反映類型和子類型的「自然」劃分。實際上，這種情況提出了一個更大的問題，即人們是否可以或應該期望對多因素疾病，或更確切地說是更普遍的疾病進行明確的分類。癌症等疾病是「自然」種類嗎？或者，它們只是構成我們碰巧發現有用的世界的簡單方法嗎？科學分類的「自然性」與程度有關嗎？它們僅僅是構成我們碰巧發現有用的世界的簡單方法嗎？科學分類的「自然性」與程度有關嗎？它們僅僅是構成我們碰巧發現有用的世界的簡單方法嗎？科學分類的「自然性」與程度有關嗎？
癌症缺乏「基本」特性，視為「自然」是否正確？
幾位哲學家就疾病的性質和疾病分類問題進行了權衡（Ereshefsky等，2015）。這些作者要解決的問題既是認識論的（需要選擇疾病的分類標準），又是形而上的給定疾病（例如癌症）缺乏「基本」特性，將疾病「種類」視為「自然」是否正確？
例如，蘭格（Lange，2007）認為，「一種疾病是一種自然的喪失能力，其特徵是對其他不健康的無能為力的有趣的功能分析解釋」（蘭格，2007，266）。在他看來，癌症不是「天然的」，因為癌症的「典型的破壞細胞生死的模式」被多重實現。在現代醫學中，諸如「乳腺癌」或「肺癌」之類的分類似乎越來越受到分子亞型的吸引。但是，根據蘭格的觀點，癌症的分子亞型不是「自然喪失能力」，因此也不是獨特的疾病。實際上，許多「疾病種類」缺乏統一的「功能分析」解釋。因此，從某種意義上講，現代醫學導致了自然界中的「疾病終結」。同樣，但出於不同的原因，Sorenson（2011）認為疾病是「超自然的」疾病。就疾病是「缺陷」或「背離規範」而言，它們缺乏自然物種的「完整性」或「內在本質」特徵。疾病是自然過程的「反映」。他們「繼承了塑造它們的自然物種的合法性和可投射性。」 換句話說，蘭格和索倫森似乎都對疾病是自然物種持懷疑態度。
獨特的「差異」來自正常的功能能力
相比之下，儘管認為疾病缺乏必要的特性，但他們聲稱，根據獨特原因或原因類型對疾病進行分類，可以找出獨特的「差異」來自正常的功能能力」，或（在哈利迪的情況下）體內穩態聚類。例如，布羅德本特（2009，2015）的「對比」疾病分類模型大致根據不同的原因將疾病區分。在「控制」和「案例」共有的一組原因中至少有一個差異的情況下（根據「與正常功能能力（負）背離的部分和過程」來識別案例），我們擁有疾病。布羅德本特（Broadbent）考慮到這一點，解釋了為什麼「子宮頸癌是一種疾病，但是HPV炎不是。」 但是，尚不清楚HPV-炎是否被適當地視為合法疾病類別；至少，這種情況引起了一個有趣的問題，即潛在的功能障礙而不是明顯的功能障礙在疾病分類中是否更為重要。在公共衛生環境中，HPV株是否會導致癌症並不比部署干預措施更普遍地限制HPV的傳播重要。目前不致癌的HPV菌株可以很好地發展這種能力。因此，也許從公共衛生的角度來看，「 HPV-炎」是完全合法的疾病類別。也就是說，從預防醫學的角度來看，重要的是，即使功能中斷並非總是（甚至在大多數情況下）發生，疾病類別還是可以很好地預測和干預的。
癌症可能是體內穩態的聚類，由「穩態」機制驅動的
Khalidi（2013）認為，癌症可能是體內穩態的聚類。哈利迪（Khalidi）認為，癌症是由「穩態」機制驅動的，即「看門人」基因的突變，或者是在預防或允許腫瘤出現中起「關門」作用的基因。從這種觀點出發，獲得特定「看守人」基因突變的功能類似於博伊德（Boyd，1999）的「穩態機制」，因為它們允許進一步獲得癌細胞的「標誌性」特性。哈利迪（Hhalidi）借鑒了癌症的一個非常普遍的觀點，該觀點由兩位著名的癌症研究者Hanahan和Weinberg（2000，2011）闡述。他們確定了自己被認為是癌症的「標誌」的意思：「大多數甚至所有類型的人類癌症都具有少量的分子，生化和細胞特徵（獲得的能力）。他們將這些「共同決定惡性腫瘤生長的細胞生理學的六種基本變化」確定為：生長信號的自足性，對抗生長信號的不敏感性，逃避凋亡（細胞死亡），持續的血管生成（發展血液供應的能力），組織侵襲和轉移（Hanahan，et al.2000，57）。以看守為例 TP53被稱為腫瘤抑制因子，因為它具有感測和響應與細胞損傷（通常誘導細胞凋亡或細胞死亡）相關的信號的功能。它是大多數經測序的癌症中唯一突變的基因之一（Bailey等人，2018），Weinberg（2013）將其表徵為「主要監護人和execution子手」，因為它通過在存在突變的地方誘導細胞死亡來防止進一步的突變。是麻煩的跡象。在哈利迪看來，人們應該理解破壞這些非常特殊的能力，將其作為癌症的「穩態機制」。
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