在關於言論自由的爭論中，站在胡適對立面的國民黨黨棍們，說理說不過胡適，便求助於權力的外援。胡適受到了來自教育部的申斥，值得注意的是，當時教育部的領導者蔣夢麟是胡適在哥倫比亞大學的同學。胡適不客氣地寫信反駁教育部的公文，還保持了他一向引以自豪的幽默：他沒有忘記指出對方信函中的幾處錯別字。由此，胡適與國民黨的衝突，從言論自由擴展到教育獨立。
鞭捧並行：國民黨的胡適政策
國民黨對胡適採取一手大棒、一手胡蘿蔔的政策。1927年6月，國民黨中央政治會議決定改教育部為大學院，以蔡元培為大學院長。10月，蔡請胡適擔任委員，胡拒絕，直言不能附和「黨化教育」。後來，在蔡的再次敦請之下，胡適勉強就任。次年5月，南京方面動員胡適參加全國教育會議，胡適幾度推辭。老朋友錢端升說：「太堅辭了，也好像生氣似的。」連胡適自己也承認：「一年不到南京，早已招人疑怪。」於是決定去南京一趟。結果他發現，會場上大半是熟人，可見英美派知識分子多半已為國民黨所用。
但是，胡適不願「學而優則仕」，更不願放棄對教育獨立的價值的堅持。蔡元培計劃改北大為中華大學，讓李石曾任校長。胡適明確表示反對，在會上與吳稚暉發生激烈衝突。吳離開座位，跳起來大聲斥責說：「你嗎，就是反革命！」
胡適在會上「十分忍耐」和「不與計較」，回家之後即寫了一封給吳稚暉的信，自稱「不很明白今日所謂『革命』是怎樣一回事，所以也就不明白『反革命』是怎樣一回事」，要吳指出他犯了《反革命治罪條例》的第幾條。不過，胡適稍後冷靜下來，這封措辭激烈的信並未發出去。
這場關於「革命」與「反革命」的爭論，正表明出「革命」這個概念已經成為一個不容置疑的善惡劃分標凖。「革命」原本是本土詞彙，它在二十世紀初的復活，很大程度上是借助日語翻譯，也即受到某種西化的洗禮，遂構成如史華慈所說的「革命之謎」——近代以來中國激進主義的形成。其實，定義誰是「革命」、誰是「反革命」的，不是某種絕對的真理，而是言說者背後的槍桿子。
捍衛北大：自由學府被邊緣化
這場爭論的另一焦點是胡適要捍衛北大的地位與聲望。當年，蔡元培辭職南下，不是因為學生運動和北洋政府的壓力，乃是因為北大內部的權力鬥爭。蔡對北大始終有一股怨氣。更何況如今蔡身為南京政府大學院院長（教育部長），當然要遵循國民黨的黨化教育政策並對全國教育資源做出重新分配。在這個新的格局中，北大的處境非常不利。胡適在北大的時間比蔡元培更久，對北大的感情更深，不願看到北大被國民黨人控制並淪為二流大學。
早在5月21日，胡適在中央大學（原東南大學）宴請大學院委員會委員時，就「說了幾句很不客氣的話」，他回顧了五四時代北大與南京高師（東南大學前身）的對峙之後說：「今者北大同人，死者死、殺者殺、逃者逃，北大久不為北大；而南高經過東大時期而成中央大學，經費較北大多三倍有餘，人才更為濟濟。我希望中央大學同人擔北大所負之責，激烈的謀文化革新，為全國文化重心。」有心人可聽出其絃外之音，胡適對心愛的北大的邊緣化不無怨言。而持文化保守主義立場的中央大學，迎來政治上更為保守的戴季陶當校長，又豈能突然之間轉型為「文化革新」之先鋒？
風雨雞鳴：反抗國民黨的「黨化教育」
此時，主持南京政府教育政策的，表面上看是蔡元培，但掌握實權的是蔣介石的文膽、中央大學校長戴季陶。1927年，戴季陶大多數時間都為病魔所纏，他撰寫了新書《青年之路》，側重於論述如何建立一個強大、正統而且以三民主義和中國傳統道德為基準的國民黨思想體系，也強調務必製定遏制學生運動的新政策。蔣介石吸收了戴季陶的思想，於1927年12月14日，以國民黨軍委主席的名義發佈命令，即刻停止一切群眾運動，包括學生運動在內，學術之外的各級學生組織一概解散。
國民黨的黨化教育的重要內容，是在學校中開展軍訓。在討論學生軍訓法案時，胡適提出增加「有正當主張不願加入者」可不軍訓的內容，因為「愛國固重要，但個人自由亦不宜太抹殺」。但代表軍方出席會議的何應欽則「對良心上的自由，全不承認」，認為「中國人自由太多，須加嚴格訓練」。中國人自由太多、一盤散沙，這是孫文的看法。何的這一席話體現了「馬上打天下」的國民黨軍人對孫文建國理論中「訓政時期」的理解。此刻真個是秀才遇到兵、有理說不清。
胡適當然不接受國民黨對他的「反革命」的命名，更不能對國民黨的黨化教育屈服。他向蔡元培提出辭職並自稱：「我雖沒有黨派，卻不能不分是非。我看不慣這種只認朋友，不問是非的行為，故決計避去了。」胡適先後五次提出辭呈，蔡元培只好同意。
胡適對南京的觀感不佳，「上焉者日日開會，下焉者分贓吃飯」。他聽說宋子文、孔祥熙輩「結夥賣缺」，更是深惡痛絕。他看到國民黨從學習西方的典範變為與明末的復社相類的傳統中國式組織，對其前景日漸悲觀，既然「中國人不能組織大規模的事業」，那麽「政黨是大規模的組織，需要服從與紀律，故舊式政黨（如復社）與新式政黨如國民黨都不能維持下去」。國民黨在中國大陸維持的時間僅二十二年，若以朝代算，跟短命的秦、隋兩朝差不多。
日趨反動：國民黨的儒教+法西斯化
1929年，國民黨宣傳部長葉楚傖說：「中國本來是一個美德構成的黃金世界。」國民黨剛剛統一中國，就開始了一系列保守的壓制政策以鞏固權力，嚴厲推行黨的信條進行思想箝制，懷疑並排斥思想上當持不同政見者。黨控制的報紙和官方文件都使用文言文，電報也一樣。
於是，胡適猛烈批評國民黨，因為它在尋求一種意識形態時，正在日益表現出對於「新文化」的敵意。國民黨一天天地轉向一種保守的文化，並把它作為其世界觀，重新肯定深埋在中國的思想和社會傳統中的儒家觀念。1934年，當國民黨人開創了他們滿懷希望的「新生活運動」並再度實行官方的孔子誕辰紀念時，儒家社會價值的復活得到正式承認。但這種向過去運動的傾向，在二十年代後期蔣介石和其他國民黨領導人的公開講話中已明顯地表現出來。
胡適捕捉到了這些重要的信息。從1927年開始，胡適成為國民黨組織和國家權力支持的保守主義的痛苦而孤獨的抗議者、反對者。這種保守主義在廣大學生和新文化的領袖中沒有什麽影響，卻是令人生畏、不可挑戰的。胡適與之對抗，宛如螞蟻對抗大象，但這足以讓國民黨如坐針氈，因為「作為對一個暴虐的政府意識形態基礎的破壞，也就大致相當於對政府本身的直接否定」（周明之語）。
無奈周旋：道不同而相為謀
胡適與蔣介石及國民黨的關係，正如中央研究院在胡適紀念館舉辦的一次特展的名稱所說——「道不同而相為謀」。在抗戰期間，胡適勉強出任中國駐美大使，不是支持國民黨，乃是支持中國這個仍未成型的民族國家對抗日本侵略，「國家是青山，青山倒了，我們的子子孫孫都得做奴隸了」。但他從來沒有興趣加入國民黨，也對蔣介石一度希望他做虛位總統或行政院長的探試毫不動心。胡適晚年從美國回到國民黨佔據的台灣並批判共產黨在中國大陸的暴政，只是在「壞」與「次壞」之間選擇「次壞」罷了。
不過，這也和胡適旅居美國遇到重重困難有關。胡適一直沒有獲得一個穩定的教職，因而經濟壓力巨大。在美國大學當局眼中，他如同大而無用的「白象」。妻子江冬秀不懂英文，許多事情需要胡適親自應付，如購買食品、郵寄信件、發電報、跑銀行、付賬單等。手邊缺乏足夠的參考書，也不可能僱用學術助理。當時胡適年過六旬，患有心臟病，購買醫療保險亦有困難。
批其逆鱗：胡適與蔣介石的精彩交手
1958年4月，胡適結束在美國九年的旅居生涯回到台灣就任中央研究院院長。4月10日，蔣介石親臨就職典禮並致辭，聲稱中央研究院這一全國學術之最高研究機構「應擔負起復興民族文化之艱鉅任務。目前大家共同努力的唯一工作目標，為早日完成反共抗俄使命……希望今後學術研究，亦能配合此一工作來求其發展。」蔣在講到胡適「最令人敬佩者即為其個人之高尚品德」後，話鋒一轉，再度將學術研究與政治聯繫起來，謂：
「五四運動造成共產黨坐大，最後政府只好退來台灣。……今日大陸上共匪以仇恨與暴力，為其一切倒行逆施之出發點，其目的在消滅我國家之傳統歷史與文化，而其重點則為毀滅我民族固有之倫理與道德，因此胡適先生之思想及其個人之德性，均不容於共匪，而必須予以清算，即為共匪摧毀我國倫常道德之一例……」
作為五四新文化運動發起者的胡適，不能接受蔣介石單方面將其「儒家化」的企圖，更不能認同蔣介石提出的學術必須為政治服務。在胡適回台灣前夕，國民黨人炮製了一本《胡適與國運》，既無出版社，也無發行人，作者多匿名，偏偏在機關學校廣為散發。其中有文章將胡適倡導的五四新文化運動當作導致國民黨失去中國大陸的罪魁禍首，認為胡適推廣白話文比之秦始皇焚書坑儒有過之而無不及（具有諷刺意味的是，這些批判文章乃是用白話文寫成）；甚至攻擊說，「社會上的青年，到處實行家庭革命，手刃父母，兄妹結婚，倒戈叛上的種種作為，無非受胡博士思想解放的影響」。胡適知道背後是蔣介石對他的警告。但他拒絕保持沉默。
等蔣介石致辭完畢，胡適直截了當地反駁說：「總統，你錯了，五四運動是民國8年的事，共產黨坐大，是十幾年後的事，跟五四運動無關。……我們的任務，還不只是講公德私德，所謂忠信孝悌、禮義廉恥……我們做的工作還是在學術上，我們要提倡學術。」
據當時在場的中央研究院青年學者李亦園回憶說：
「胡院長就職時蔣老總統特別親自來了，來了之後還講話。在他的講話中，不知為什麼忽然說到共產黨在大陸坐大可以說與五四運動的提倡自由主義不無關係。這樣的說話對胡先生來說當然是非常尷尬的，因為五四運動跟他有密切的關係，他是重要的推動者。結果老總統講完之後，胡先生站起來繼續答話，他的答話讓大家臉色都凝住了，他一開始就說『總統你錯了』，在當時那麼威權的時代，他這樣講使全場的人臉色都變白了，氣氛非常緊張。老總統卻很有風度地主持完會議，只是在胡院長任內就未再來過南港了。這一件事，胡院長的表現可以說確實為中央研究院在追求學術自由與獨立上樹立了一個里程碑。」
受到內傷：蔣介石記恨終日，夜不能眠
蔣保持禮節沒再說話，但並非無話可說，而把話留在日記裡。幾十年後，蔣介石日記解密，有學者赴美特地抄錄這一天的日記內容：
「今天實為我平生所遭遇的第二次最大的橫逆之辱。第一次乃是民國十五年冬、十六年初在武漢受鮑爾廷（鮑羅廷）宴會中之侮辱。而今天在中央研究院聽胡適就職典禮中之答辭的侮辱，亦可說是求全之毀，我不知其人之狂妄荒謬至此，真是一狂人。今後又增我一次交友不易之經驗。而我輕交過譽，待人過厚，反為人所輕侮，應切戒之。惟仍恐其心理病態已深，不久于人世為慮也。十時，到南港中央研究院參加院長就職典禮，致辭約半小時，聞胡答辭為憾，但對其仍禮遇不予計較……因胡事終日抑鬱，服藥後方可安眠。」
蔣介石將胡適對他的頂撞與三十多年前在武漢歡迎宴會上受鮑羅廷之羞辱相提並論，可見其反應之強烈。作為獨裁者的蔣介石，長久以來習慣於頤指氣使，尤其到了台灣、肅清反對派系之後，極少有人敢於「逆龍鱗」，突然遭到胡適「搶白」，自然氣急敗壞乃至夜不能寐。蔣臧否人物，單從他予對方的小恩小惠出發，而不衡量事件本身的是非對錯，他生活在傳統的農業社會，還未進入現代工業文明。
胡適與蔣介石的這次衝突，並非偶然事件。1931年3月17日，蔣介石曾面告清華大學學生代表：「胡適係反黨，不能派（當校長）。」胡適的反應只有一句話：「今天報載蔣介石給了我一個頭銜。」蔣自己不曾意識到，他無意之間成了胡適自由主義精神的一面鏡子。歷史學家余英時指出：「胡適的自由主義立場，是在1929年與執政國民黨的激烈爭執中才獲得明確而具體的展現。1934年《獨立評論》關於『民主與獨裁』的爭論和1949年後台北《自由中國》上關於『自由與容忍』的討論，他所堅持的都是這一基本立場。」
新儒家的迷航：徐復觀砲打胡適的失態文章
胡適晚年最後一場論戰，是對陣得到蔣介石資助的文化保守主義者群體。趁胡適生病住院之際，文化保守主義者徐復觀發表文章攻擊胡適是「不懂文學、不懂史學、不懂哲學、不懂中國的，不懂西方的，不懂過去的，更不懂現在的」的「七不懂」，甚至用若干汙穢的語言辱罵胡適「向西方人賣俏，因為得點殘羹冷炙，來維持早經摔到廁所裡去了的招牌，這未免太臉厚心黑了」。
本來，文化保守主義或新儒家，可以跟自由主義和全盤西化論，在學術層面平等對話和討論。但徐復觀等人以「正統」為標榜，氣勢洶洶地討伐「異端」，卻又借助權力之手，已然淪為國民黨的文化打手，反過來印證了儒家從來是權力的幫凶。
1962年2月24日，胡適在中研院歡迎海外院士等酒會上發表最後一次講話。他說：「我挨了四十年的罵，從來不生氣，並且歡迎之至，因為這是代表了中國的言論自由和思想自由。」講到此處情緒激動，心臟病發作，數分鐘後仰身暈倒，再未醒來。
胡適的墓地設在南港中央研究院外面的小山坡上，墓誌銘由胡適生前好友毛子水撰文：
「這是胡適先生的墓，生於中華民國紀元前二十一年，卒於中華民國五十一年。這個為學術和文化的進步，為思想和言論的自由，為民族的尊榮，為人類的幸福而苦心焦思，敝精勞神以致身死的人，現在在這裏安息了！我們相信形骸終要化滅，陵谷也會變易，但現在墓中這位哲人所給予世界的光明，將永遠存在。」
數十年後，台灣實現了胡適夢寐以求的、也是鄭南榕用生命來捍衛的「百分之百的思想和言論的自由」；中國至今仍然身陷在極權主義的泥沼之中，人民不能享有「免於恐懼的自由」。而包括台灣在內的整個華人文化圈，迄今為止尚未擺脫儒家專制主義文化之陰影。一場新的文藝復興、宗教改革與啓蒙運動，有待後人接棒前行。
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