台灣教會公報報導，前馬偕醫院董事長劉伯恩長老，因違背教會法規及體制，並以法律訴訟對抗總會及馬偕醫療財團法人董事會，在馬偕董事會議事治理違反教會法規及體制；長老教會第63屆第4次總委會決議對劉伯恩戒規，五年內不得銓衡總會公職。總委會也請七星中會及榮星教會小會辦理停止劉伯恩長老會員權及長老職停職。
報導也指出，馬偕董事會第17屆董事李美意牧師，執意反對總委會決議，不願意順服教會體制及教會法規，並簽名與同意發表「馬偕醫療財團法人董事聯合聲明回覆函」，總委會亦予以戒規，五年內不得銓衡總會公職。
根據總會常置委員會提出「辦理戒規馬偕醫療財團法人前董事劉伯恩長老及李美意牧師」一案說明：
一、2018年1月16日第62屆第5次總會常置委員會議案第24案，決議：「即日起暫停劉伯恩董事長之職務」，隔日(1月17日)劉伯恩擅自聯合其他7位馬偕董事，在馬偕醫院官網公然對外發表聲明，逕行宣告總委會決議無效。
二、2018年1月18日台灣基督長老教會馬偕醫療財團法人第十七屆（二）董事會第12次會議，劉伯恩長老於議錄登載聲明「本席無法接受總會第62屆常置委員會2018年1月16日第5次會議議案第24案之決議內容。」
三、2018年1月26日劉伯恩長老向台灣台北地方法院提出民事起訴狀，對台灣基督長老教會總會、北部大會、七星中會，聲請定暫時狀態假處分。主旨：「禁止相對人全體停止或解除聲請人董事職務。」
四、2018年2月5日劉伯恩長老聲請民事假處分，主旨：「對蔡國明禁止行使台灣基督長老教會馬偕醫療財團法人代理董事長職權」。
五、2018年2月6日劉伯恩不配合教會體制內辦理的董事長交接，請假不出席「馬偕醫療財團法人董事長交接暨董事相關事宜說明會議」。
六、劉伯恩長老被解任董事（長）職後，多次帶律師前往馬偕法人董事會會議室，不顧董事會會議程序，嚴重干擾馬偕法人董事會議進行。
七、2018年6月17日台灣基督長老教會總會發表聲明，規勸劉伯恩長老應本於愛護馬偕醫療財團法人之心，切勿一再興訟；但劉伯恩長老不聽從勸戒，仍繼續興訟。結果，2018年10月9日臺灣高等法院民事107年度抗字第724號，裁定核准馬偕法人聲請對劉伯恩的假處分。2018年10月19日台北地方法院發出107年度司執全字第750號執行命令，主旨：「禁止劉伯恩行使第十七屆董事及董事長職權」。
台灣教會公報報導，劉伯恩擔任馬偕醫療財團法人董事長期間，主導私設三家公司事宜，明顯失職。另外，在新竹市馬偕兒童醫院BOT案及宜蘭醫療機構合作案相關合約，均未經董事會提案討論決議即交辦。
總委會根據「台灣基督長老教會教會法規，針對劉伯恩長老抗拒及違反總會決議，經屢次勸戒不聽從，明顯違背長老教會教會法規行政法第124條第一款「違背誓約」。
經在場總委人數38名，贊成者36名，通過戒規劉伯恩長老、李美意牧師，五年內不得銓衡總會公職，另請七星中會及榮星教會小會辦理停止劉伯恩長老會員權及長老職停職。
台灣百合正義會表示，歷經此次風波，希望馬階醫院能回歸馬階博士的創院精神。
