國內水產養殖產業一直受到病害的威脅包括：白蝦、九孔、文蛤、吳郭魚等等，已經影響到產業的穩定發展。要想克服病害困擾除了透過調整養殖環境來減少環境脅迫，再通過增加生態多樣性（如混養） 切斷病原傳播，可有效控制病原菌的發生（過去困擾中國養殖對蝦的白點病藉由生態手段可獲得良好控制）外，培育優良養殖品系也是相當重要的途徑，可惜台灣在台灣鯛之後，已久未見新的品種或品系出現，這方面的研究成果已落於中國之後。
以全球重要的對蝦產業為例，對蝦是中國相當重要的養殖種類，每年養殖對蝦生產量達130萬公噸，目前中國已有 7 個南美白對蝦國家級新品種（分別為中科1號、中興1號、科海1號、桂海1號、壬海1號、海興農2號以及廣泰I號），無論在日增重、抗病、存活率等方面表現不俗。尤其鑑於對蝦選育工作對養蝦產業長遠穩定發展的重要性，中國積極建立綜合測試、評估中心，負責各種選育的測試並制定統一的育種和生產標準，整合國家及民間研發力量，加快研發腳步。另一個養蝦大國印度年產量超過50萬公噸，蝦苗年需求達1000億尾，主要是依靠進口SPF種蝦生產，但都需要經過國家檢疫中心的認證。有感於蝦苗對養殖成果的重要，目前在印度已經建立3個選育中心，到今年底20產能將可達到510億的蝦苗，對降低生產成本以及提高活存率有相當大的幫助。
儘管台灣早成立國家級水產生物種原庫，但是空有設備卻沒有足夠的研究人力，只有消極的保種卻沒有積極的從事育種工作，這些年已經少有育成養殖業者需要的新品系及新品種，相較於國外重要養殖國家對養殖生物育種工作的重視，新政府團隊還是缺乏遠見與人才能帶領國內水產養殖業者走出新的格局。國內這些年海水蝦類養殖主要擺在南美白蝦（草蝦、斑節蝦養成率及產量仍然偏低已不納入官方統計），不過產量也只有1萬多公噸與全盛時期的10萬公噸相去甚遠，早已經從蝦類出口國轉為進口國。相關國內外養蝦研討會已經很少舉辦，頂多只辦些國內小型研討會，很少受到國際水產養殖媒體的重視。反觀對岸經常邀集全球重要水產養殖，包括：對蝦、羅非魚（吳郭魚）、鮑魚等等⋯⋯產官學研共聚一堂，交換最新科研成果、市場資訊與養殖抗病經驗，與會人員多數對水產養殖產業未來充滿信心，與國內屢傳吳郭魚、文蛤、白蝦等暴斃消息或養殖魚種產銷失衡相去甚遠。台灣水產養殖產業與科研風光不在，眼看全球水產養殖產業正在蓬勃發展，而台灣卻只能關起門來自得其樂，令人不勝唏噓！
優良種苗是養殖成功的重要關鍵，台灣許多養殖魚種面臨基因劣化的困境。可嘆的是，這些年國內水產試驗研究機構在遺傳育種和培育優良品種上表現大不如前。目前國際上多採用家系選拔 (family selection），並注入嶄新的生物技術，成果良好例如：尼羅吳郭魚與大西洋鮭魚在增重遺傳效果良好；大西洋鮭魚、虹鱒、白蝦等在抗病力增強的平均遺傳也有不錯成果；學者專家甚至預估如果對所有養殖水產物種進行選育，每年約有12.5%的潛在遺傳獲得率，水產養殖產量能在13年內加倍。台灣想不落人後，不妨從對糧食生產影響最大、最有經濟效益養殖種類開始著手，別再讓外行領導內行！讓政治凌駕專業！
