1996年所發生的彭婉如、劉邦友命案，追訴權時效相繼屆至，也就是說，就算之後找到犯罪行為人，檢察官也必須依據刑事訴訟法第252條第2款為不起訴處分。這就不得不讓人思考，針對重大犯罪，是否該有追訴權時效的適用。
國家訴追權限，若遲遲不發動，相關物證不僅流失，證人的記憶也將逐漸模糊，即便欲為審判，也可能造成訴訟障礙，為了防止國家訴追的怠惰，自然必須有追訴權時效的設計，以來督促國家積極行使追訴權。此外，若刑罰權長久不行使，也會造成人民對於正義的期待，逐漸減弱，甚至喪失。尤其依據現行刑法第八十條第一項第一款，只要最重本刑為十年以上、無期徒刑或死刑的案件，如殺人罪，追訴權時效為卅年，若犯罪人能躲過追訴期限，身心必受到某種程度的煎熬，也算是一種處罰。
只是如此的長時效，乃是於2006年7月1日生效，而根據刑法施行法第8條之1，若追訴權時效橫跨新、舊法時，須適用有利於行為人的法律。故根據舊刑法第80條第1項第1款，即便是如劉邦友、彭婉如案之類的殺人重罪，追訴權時效也不過為廿年。如此期間，是否會對逃亡的犯罪者產生懲罰效果，實有相當大的疑問。又關於訴追面臨障礙，有時並非案發時證據蒐集的不完全，而是以當時的科技能力，無從為精密檢測，致必須等待日後科學的進步，才足以釐清事實，最明顯如DNA鑑定。則追訴權時效的規定，反成為發現真實的最大絆腳石，並使新的科學技術，無任何用武之地。
故在這二十年的過程中，不管是彭婉如，還是劉邦友案，雖一直陷入膠著，但檢警機關卻不斷重啟冷案之偵查，甚至也有更新的科學技術，如DNA鑑定來找尋與確認證據，亦未嘗不可解釋為，追訴權行使並非處於停頓的狀態，致使時效不能進行。惟依現行刑法第83條第1項，僅規定有案件起訴、依法應停止偵查或因犯罪行為人逃匿而通緝者，追訴權時效才會因此停止。由於條文乃採取列舉方式，就使陳年舊案，即便持續調查，司法者雖非不可突破，但受限於法條文義及刑法不得類推的先天框架，就難以將之認定為時效停止或中斷，致眼睜睜看著訴追權限因時間流逝而喪失。
也因此，至少對於最重本刑為十年以上有期徒刑、無期徒刑或死刑的重大犯罪，就應修法去除追訴權時效的適用，以免讓其成為逍遙法外者的保護傘。只是在廢除此等犯罪的追訴權時效，就馬上面臨是否該溯及既往的棘手問題。
以德國為例，原本刑法對於謀殺罪（Mord）設有二十年的追訴權時效，但在二次大戰結束後，對於1933到1945年納粹的暴行，就面臨時效已過的訴追障礙，致必須將之延長為三十年，並在1979年全面廢止殺人罪的時效適用。但關於溯及立法，卻引起爭議，也曾在1969年，由聯邦憲法法院做出判決，並認為基於實體正義的要求，仍無違反憲法的不溯既往之禁止。而針對此問題，或許該區分為兩個區塊，若在修法延長或廢除前，時效尚未完成，除非立法者有明文，否則當然就得適用新法。但若在此之前，已經時效完成者，是否能為溯及，卻有相當大的爭議。
總之，追訴權時效並非屬於刑罰要件，但其延長或廢除，仍關係著案件是否開啟訴追，致影響國家刑罰權的發動。故若修法廢除重罪的追訴權時效，且也未明文規定有利行為人的從舊原則，雖不至於違反罪刑法定，也使彭婉如、劉邦友之類的重罪，從時效消滅中獲得解脫，卻可能因此使法律欠缺可預測性與安定性，就踩踏了不利溯及禁止的憲法紅線，致又陷入犯罪控制與正當程序保障間的矛盾與衝突。
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