陳耀祥教授2012年9月29日發表《政治與司法》論文指出，現行司法體制為黨國體制遺緒，司法改革成效仍然有限，以1999年全國司法改革會議為例，至今落實仍然有限。以司法院機關化為例，2001年10月5日司法院大法官釋字第530號解釋：「……，致使最高司法審判機關與最高司法行政機關分離。為期符合司法院為最高審判機關之制憲本旨，司法院組織法、法院組織法、行政法院組織法及公務員懲戒委員會組織法，應自本解釋公布之日起二年內檢討修正，以副憲政體制。」這項解釋至今已經超過十年（2001〜2012年），不僅立法院置若罔聞，2008年馬政府執政之後，更是束諸高閣。司法院下設最高法院、行政法院及公務員懲戒委員會是沿襲訓政時期之司法舊制。是「以黨領政」、「黨國一體」時代之下的舊體制。
20年過去了（2001〜2021年），目前仍是「司法二元制」，小英政府推動的司法改革，也未推向「司法一元制」其理安在？難道政府不了解「司法二元制」是訓政時期遺留下來的體制，該體制容易造成人權侵害事件，且司法正義也很難實踐，兹以太極門冤案為例說明如下。
司法正義很難實踐
1996年（民國85年）12月19日發生太極門冤案，刑案部分經過十年七個月的平反奮戰，2007年（民國96年）7月13日最高法院三審判決無罪、無欠稅、無違反稅捐稽徵法，並確定敬師禮是贈與性質，依所得稅第4條第17款屬免稅所得，弟子互助代辦並非營利販售。與掌門人夫婦無關，沒有任何欠稅問題。98年刑案遭無辜羈押之被告均獲國家冤獄賠償，再次證實太極門遭受冤抑。足證並無任何課稅問題。在刑案判決確定之前，前財政部次長王得山、王榮周均曾表示，太極門稅務案件是從刑案衍生而來，刑案無罪，課稅處分就會撤銷。
平心而論，依據行政法院29年判字第13號判例、及32年判字第18號判例，國稅局自應依據刑案最高法院三審確定判決結果撤銷違法稅單。照理說，太極門稅務冤案在14年前，早就應該結案了。
可是，由於「司法二元制」之故，國稅局不理會最高法院的刑案確定判決，且財政部官員「食言」，國稅局仍然不遵守正當法律程序，而將非屬課稅客體之受贈免稅所得當作應稅所得課徵所得稅，對與掌門人夫婦無關且非屬銷售貨物之弟子集體消費代辦行為課徵營業稅。如此國稅局自始課稅主體、客體錯誤、事實認定錯誤及適用法律錯誤，係屬非法課稅，造成人權侵害事件，稅務冤案迄今25年仍未獲完全平反，建議政府設法早日解決，以平民怨。
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