針對24日教育部長葉俊榮宣布同意管中閔出任台大校長一事，總統府今（25）日發表聲明表示，早上8點左右，蔡英文已請行政院長賴清德到官邸交換意見。根據聲明，蔡英文認為此案社會高度關注，作為執政團隊的一員，相關決策應該經過完整的溝通與討論。
總統府發言人林鶴明轉述蔡英文談話內容，認為昨天這樣的處理，讓大家措手不及，尤其讓執政黨團的立委被動獲知訊息，顯然需要檢討。針對賴清德表示會於今日找教育部長會談並了解情形，蔡英文也請行政院對此案進行妥善後續處理。
此外，針對媒體報導，前立法院長王金平以及台大遴選委員會召集人陳維昭曾與蔡英文會面一事，林鶴明表示，蔡英文曾於今年6月6日下午（即教育部長葉俊榮上任前），針對台大校長遴選產生重大爭議一事，與兩人有過一次會面。
林鶴明進一步澄清，另外一次則是總統府秘書長陳菊就本案與兩人另行了解情況。蔡英文在與王、陳兩人的會面中強調，基於外界對於遴選程序的質疑，為了台大的學生，希望台大遴選委員會可以展現彈性和善意來處理，不能鐵板一塊，應尊重教育部的權責。但雙方各自堅持立場，會談並無交集，不歡而散。
