為達到2020國內再生能源佔總電力供應的20％，政府大力推動太陽能發電除鼓勵屋頂種電外，也積極推動農田種電，但因事前規畫未妥適加以法規不完備，執行起來問題重重包括：假農耕真種電、種電輕農、光電業者搶租農地墊高農業經營成本等等，造致外界相當多的批評也遭監察院糾正。為此蔡政府又將腦筋動到4.8萬公頃的魚塭，宣稱目前於水產試驗所進行之於電共生試驗成果良好，未來將有上萬公頃可用來推動魚塭種電，在漁村引發騷動，是否重蹈農田種電的覆轍及影響到國內漁產品供應引發外界關注。
檢視目前政府在實施魚塭種電政策上，確實存在諸多問題，謹分析如下：
1. 策推動太過急躁。魚塭種電涉及到糧食安全與土地變更利用，屬重大公共政策，事先要有詳細的評估與規劃，需要謀定而後動。然而以目前在魚塭種電關鍵技術、法規及相關配套未確立前，即作出政策宣示，恐呷緊弄破碗，讓養殖漁民未蒙其利先受其害（如魚塭租金大漲）。
2. 墊高魚塭租金，提高生產成本。光電業者為搶先佈局已經將魚塭租金提高到每年每供公頃30-45萬元，較原有魚塭租金每年每公頃10-20萬元高出甚多，不僅壓縮養殖利潤，也影響到我國養殖漁業的國際競爭力。
3. 政策規劃不夠嚴謹。雲林縣政府提出嚴重地層下陷區不利耕作，得設置綠能設施農業用地範圍共1440公頃，其中有281公頃屬養殖漁業專區，先前政府已投入近10億元，進行區內公共設施等改善，未來將不再投入養殖方面的經費，引發養殖業者反彈。
4. 魚塭種電關建技術未確立。由於國內養殖種類及型態相當多樣化，根據國外研究顯示，有些魚類適合是魚電共生，有些魚類不適合，不是一體適用且水深、養殖方法、遮蔽率等等各有不同，需要相當專業技術。為此，中國大陸係採取試點方式由業者、相關領域學者專家及政府組成團隊，共同尋找並解決問題（包括法規制定），有把握後再全面推動。反觀台灣對於魚電共生的關鍵技術，水產試驗所才剛在台西試驗場拿文蛤來進行魚電共生試驗，這樣的試驗規格與實際經營需求具嚴重落差，何況國內文蛤養殖發生大量死亡的確切原因及有效對策都還未知，政府就已經宣稱魚電共生有助文蛤成長，讓外界有轉移焦點的質疑。
5. 政府未明確告之風險。政府只告知民眾從事農電魚電好處多多如（可增加養殖戶收益等），卻未告知可能的風險，如國內對太陽能躉購費率從2011年每度電9.48元一路下滑到今年的6.1元，明年還要降至5.2元，國外降幅更低（日本每度電從40日圓降至21日圓，2020年將完全停止對太陽能光電的補助），大幅壓縮這部分的利潤，養殖戶花大筆光電模組安裝費用，也可能無法回收，從事魚電共生非一本萬利，政府不能為衝綠電業績而隱瞞風險。
魚塭種電在國外有成功案例，但是想要順利推動，政府事先要做好評估與規畫並與農漁民作「雙向」溝痛，更重要的是對於制定的法規要能夠徹底執行，才能贏得農漁民的信賴，讓魚電共生成為新的養殖模式。
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