今年入夏以來，全國本土登革熱疫情計233例，臺南市有164例，高雄市有63例，台南市登革熱首度超越高雄，市長賴清德祭出鐵腕，不但要求已有確診病例的13個行政區必須在本周日前地毯式的全面進行孳清，並完成複查，於下次會議提出報告外，也當場指示政風處確實辦理督導，在今年疫情結束之後給予獎懲。
臺南市104年第3次登革熱流行疫情指揮中心會議昨7月29日（三）舉行，由衛生局長林聖哲針對7月23日至7月28日臺南市疫情狀況說明，今年入夏以來（5月1日至7月28日止），全國本土登革熱疫情計233例，臺南市有164例，高雄市有63例，新竹縣3例，臺中市2例，嘉義縣1例；其中臺南市自上周10區27里增為13區59里；北區88例最多、其次安南區43例。
環保局長李賢衛指出，除加強一里一日清外，也依據廢棄物清理法、空地空屋管理自治條例及環境清潔自治條例，截至29日累計告發245件。
面對目前13個行政區已有確診病例，賴清德逐一聽取區公所報告後，直言「防疫如同作戰」，不是隨便說說，「今天的防疫工作不是在做功課」，再三強調「區公所必需主動積極清除孳生源」，如果再存這種做功課的心態，今年疫情恐破千。賴清德要求各機關、單位都要確實務實的執行各項防疫工作，從嚴且落實執行。
他同時要求各區執行病媒蚊孳清時，戶數一定要有代表性，區公所要主動積極，要求里長、社區的理事長或是鄰長、志工一起來，而在落實病媒蚊孳生源的清除，最好是一天就能完成整個里，如果沒有辦法，最遲不要超過3天，也就是每日至少要孳清百分之33的戶數，這樣的話，才有辦法充份反應一個里的狀況，同時確保布氏指數要在3級以下。
另對北區登革熱分布熱點的西門町跳蚤市場，初步查察是違章建築，賴清德指示以專案處理。並要求國產署、國軍對於主管之空地、空屋要澈底進行孳清工作。此外,對於昨天會議國防部9個單位只來了一個人員代表，原因是未接到國防部轉文派員，賴表示不可思議，防疫如作戰，國軍這種態度令人遺憾，指示今日出席行政院院會的曾副巿長向毛院長反應。
面對疫情嚴峻現象，賴清德再三強調防疫必需真正落實的重要性，當場指示政風處確實辦理督導工作，在今年疫情結束之後祭出獎懲，對於認真防疫的有功的同仁敍獎，如果沒有配合或是疏忽的人員一律懲處而且是嚴懲
