一、前言
台灣小型食品工廠居多，依據經濟部資料登記食品工廠細分類行業共計24類約5,746家，其中取得優良認證或標章如TQF(GMP)或CAS或ISOO2200驗證業者約500家，員工50人以上約占23％，員工10-49人以下約占49％，員工10人以下約占28％，如同以前的一句口號「客廳即工廠」，規模較小的食品工廠其食品從業人員對衛生安全知識及法規認知缺乏，委託代工工廠或受委託代工的工廠普遍存在。
二、食品工廠管理
(一)、食品良好衛生規範準則是食品業基本功
食品工廠除了應符合食品良好衛生規範準則及食品工廠之設廠標準外，如果是罐頭食品工廠、冷凍食品工廠、蜜餞鹽漬工廠、飲料工廠、醬油工廠、乳品工廠、味精工廠、食用油脂工廠、脫水蔬果工廠、餐盒食品工廠、速食麵工廠及食品添加物工廠（味精工廠除外）十二類專業食品工廠須符合專業工廠設置標準，目前衛生福利部公告餐盒食品工廠業、乳品工廠業、水產食品業和肉類加工食品業，強制實施食品安全管制系統，由各縣市衛生局執行符合性查核，所以食品良好衛生規範準則(GHP)是食品業基本功。
食藥署及經濟部103年共同規畫執行食品工廠符合食品良好衛生規範作業流程(約188項)，落實食品業者自主管理訪視輔導，食藥署委託國立台灣大學食品安全中心，負責業別有冷凍冷藏肉品製造業、肉品製造業、冷凍冷藏水產製造業、水產製造業、乳品製造業和未分類其他食品製造業等6類共1,853家。
經濟部分別委託食品工業研究所(負責業別為調味品製造業、食用油脂製造業、糖果製造業、磨粉製造業、調理食品製造業、非酒精飲料及菸草製造業、麵條粉條製造業、澱粉及其製品製造業、烘焙炊蒸食品製造業)，穀物研究所(負責業別為製糖業、糖果製造業、澱粉及其製品製造業、烘焙炊蒸食品製造業、麵條粉條製造業)及南區金屬中心(負責業別為蔬果製造業、冷藏冷凍製造業、製茶業)等13類約2,568家，預定年底完成約4,000家訪視輔導針對GHP及開業資料確認及調查，並完成全國北中南50場業者法規教育宣導活動，預定完成食品工廠分級管理規畫四類A、B、C、D級，分別一般查核、特別查核、逐年查核頻率，期待年底經過這次全面地毯式的訪視輔導，應有更具體有效管理食品工廠。
(二)、食品工廠常見缺失
(1)、工廠登記在甲地而實際製造在乙地。
(2)、工廠實際使用範圍比許可範圍再擴大或與原來許可配置圖不同。
(3)、食品添加物未落實管理:進口食品添加物無中文標示，食品添加物證與規格不符，複方食品添加未置於專區。
(4)、衛生管理缺失:倉儲未有溫溼度紀錄或記錄不實，清潔劑未設專區及無領用記錄，原料未標示有效日期或過期原料，食品未離牆離地管理，原料、半成品或不良品無明顯區隔，未落實病媒防治也無紀錄，製造區地板、天花板剝落，清掃用具未定位，食品接觸面用具已剝落，作業區機器未確實清潔，配管外表積塵明顯，食品從業人未健康體檢或過期，未落實工作服穿戴，佩戴手錶或耳環。
(5)、無原料紀錄，未建立追溯追蹤制度。
(6)、量測儀器未校正紀錄，留樣冰箱放置私人食物，檢驗室環境髒亂。
(7)、無客訴紀錄，表單紀錄無簽名，未落實文件管理。
(8)、未有水塔清洗紀錄。
(9)、未建立產品回收標準作業程序。
(10)、產品標示不實、不完整或宣稱易生誤解。
(一)、食品標示應標示「製造廠商」
99年肉毒桿菌事件因未在第一時間落實食品工廠產品下架回收而造成後來九位個案發生，而當時食品衛生管理法只規定食品標示「製造廠商或負責廠商」故無法立即找出製造廠商，因此102年6月19日修法，第二十二條第一項第五款應標示「製造廠商」，但是103年2月5日修法第二十二條第一項第五款又恢復只需標示「製造廠商或負責廠商」。
(二)、全面食品工廠建立有效追溯追蹤制度
目前公告九種業別(資本額三千萬以上食用油脂業、肉類加工業、乳品加工業、水產品業、餐盒業、食品添加物業、基因改造食品原料輸入業、應標示基因改造或含基因改造字樣食品業、標示非基因改造或不是基因改造字樣食品業)強制執行追溯追蹤制度，食安法第七條第五項食品業者發現產品有危害之虞時應即主動停止製造、加工…並通報但無明確時程，如果無建立追溯追蹤制度，為落實有些縣市訂定自治條例明確規範48小時完成下架回收，應全面食品工廠建立有效追溯追蹤制度。
(三)、落實食品添加物管理
近期食安事件都與食品添加物有關，所以在101年10月政府協助願意守法的食品添加物業者主動登錄，共同建立更完整食品安全資訊管理系統，目前規定食品添加物輸入分流、分廠分照，但販售端(化工原料及食品添加物)卻在同一營業處所，易造成業者為降低成本以化工原料代替食品添加物；複方食品添加物不須查驗登記須登錄，應加強列管追蹤。
(四)、中央成立稽查大隊
大型的食品工廠發生食安事件影響層面很大，利用目前食藥署的各區管中心人力，加強稽查能力訓練，比照藥廠查核方式，中央與地方稽查人力分工合作。
