「宗教基本法」草案多項爭議內容引起外界討論，法案內容除了被批凌駕行政、法律，多個民間團體今 （23）日也質疑，草案當中與教育相關的條文將嚴重侵害學生受教權、教師專業與工作權，因此強烈反對特立專法替宗教團體開大門，讓宗教信仰凌駕憲法教育相關規範。目前已有60個團體參與連署表達反對。
王金平及國民黨立委黃昭順、馬文君，民進黨立委林岱樺、施義芳、陳亭妃及親民黨立委陳怡潔等36位朝野立委共同提出宗教基本法草案，原定明（24）日安排立院審查，不過內政委員會召委黃昭順表示，與其硬碰硬討論，害宗教被污名化，不如先變更議程。
多個民間團體，包括性別平等教育大平台、台灣性別平等教育協會、婦女新知基金會、台灣同志諮詢熱線協會等表示，草案在教育相關的條文將嚴重侵害學生受教權、教師專業與工作權，因此強烈反對特立專法替宗教團體開大門，讓宗教信仰凌駕憲法教育相關規範。
民間團體表示，草案當中的規定恐引發教育現場的混亂與無所適從，若學校成為傳播宗教的適當場所，恐將讓部分特定宗教信仰的教育工作者，「依法」灌輸學生自身宗教信仰。一旦這種狀況成真，各種宗教將紛紛進入校園，不但影響學生學習，更會引發社會諸多爭議。
再者，草案第16條規定要求「國民基本教育應將宗教知識教育列入課程」，民間團體也質疑，若此條文通過，「學校要在什麼課程列入宗教知識？打算教導什麼樣的宗教知識？難道是類似現在部份學校竟容許宗教人士在晨間早自習時帶領晨禱，讓學生感受『宗教情操』？」
民間團體也說，草案將允許宗教團體所設立之私立學校可「合法」要求全校教職員須與該宗教團體相同信仰，並可基於信仰理由進行差別對待，對於與其宗教信仰不同、與其教義不符之學生，更可不發予畢業證書與修業證明。
民間團體表示，學校開設的目的應當以「教育」為本，而非宣揚和深化宗教信仰。草案一旦通過，恐影響教職員工作權益，不僅破壞原先教育目的，更違反「勞基法」與「就業服務法」關於宗教就業歧視之規範；且條文更包含宗教團體所成立的社福機構或社會企業工作人員（如糕點烘焙坊、咖啡廳等），一旦通過恐將造成台灣社會整體的嚴重就業歧視。
