菲律賓衛生部官員表示，由於台灣被世界衛生組織（WHO）認為中國的一部分，台灣也與中國及港澳地區一同被列為臨時旅遊禁令的範圍。根據中央社報導，約150名台人搭上命令發布前起飛的班機，抵達宿霧、卡利波、馬尼拉等機場後被拒絕入境。
菲律賓總統杜特蒂（Rodrigo Duterte）本月2日曾發布命令，針對任何在過去14天曾造訪中國所有地區及香港和澳門的外籍人士，禁止他們入境菲律賓，未提到台灣。
航空業者表示，宿霧、長灘島、公主港等航點，是旅遊勝地，幾乎只做台灣人生意。新冠肺炎疫情擴大，菲律賓即日起禁止旅客從台灣出發進入菲律賓，形同變相停航。根據民航局統計，目前台灣飛菲航點包括馬尼拉、宿霧、長灘島、公主港，每月來回座位數約28萬個、約22萬人次。
目前執飛台菲線的航空公司，包括華航、長榮、台灣虎航、菲航、宿霧太平洋、菲律賓亞航。禁令宣布後，菲航已經取消今日兩班台北飛馬尼拉，至於國籍航空，要看滯留在菲律賓的旅客數，決定如何接回來。
菲律賓民航局的公文禁止任何國籍旅客從陸港澳台飛往菲律賓，也不準菲國旅客來台。也就是說，航空公司可以飛，但都是「回鄉機」，只能夠載菲律賓人回菲律賓、載台灣人回台灣，客源大幅減少。
