敦睦艦隊爆發武漢肺炎（新冠病毒COVID-19）疫情群聚感染事件， 24名確診官兵足跡遍布10多個縣市，在雲嘉南部分，包括嘉義千葉火鍋、國華街魯肉飯、自強號火車、台南市夢時代MOMO壽喜燒火鍋店、享溫馨KTV等，各縣市政府均完成接觸者匡列，並進行環境消毒。
在嘉義市部分，敦睦艦有1人確診，個案4月15日由家人開車接回家，全程均有戴口罩：
16日11時30至13時30分曾在千葉火鍋垂楊店用餐約2小時；該店家工作人員均全程戴口罩，在第一時間接獲市府衛生局通知後，決定自主管理並暫時停業，請清潔公司進行全面消毒。16日晚間在家用餐於家中休憩。
17日上午10時12分，從嘉義市搭自強號103車次前往台南市，中午12時30分至下午2時30分，在台南市南紡夢時代MOMO壽喜燒火鍋店與同袍用餐，隨後前往享溫馨KTV至下午5時30分離開。有關在台南市的活動地點，已同步通知台南市政府衛生局，上述業者平時於換場即會進行環境消毒，在接獲通知時也再次加強消毒。
17日下午6時1分，搭乘自強號146車次，由台南市回到嘉義市，並由親人陪同晚間7時至7時30分，在國華街路邊ㄉㄚ仔魯肉飯與家人用晚餐，店家老闆與工作人員均全程戴口罩，市府衛生局已通知環保局前往上述活動地點清消。
18日上午接獲軍隊緊急召回，全程戴口罩至嘉義市指定地點集合前往檢疫所。
在雲林縣部分，有1人確診 ：
4月15日下午由父母接回雲林住處，16日跟父母拜訪親友在親友家共進午餐，晚上到台北找朋友，當日晚上10點多搭高鐵至高雄訪友並借住高雄朋友處，18日收到召回通知即北返林口，中途有返家拿衣物。目前雲林縣衛生局已匡列其親友8人，進行居家隔離並立即安排採檢。另台中市案404，曾返回雲林探視親人，亦匡列其親人2人進行居家隔離並安排採檢。
在台南市部分，曾有外縣市確診個案到訪
4月17日中午12時30分至下午2時30分，到南紡購物中心Mo-Mo-Paradise壽喜燒，2時30分至5時40分於享溫馨KTV停留，經疫調了解，用餐地點為南紡購物中心Mo-Mo-Paradise壽喜燒，業者每天閉店時即以漂白水1000ppm清潔地板，同時工作人員均有戴口罩服務客人。
另，個案也曾在享溫馨KTV歡唱，店家在每位客人離場後，以75%酒精擦拭麥克風等客人常碰到的地方，並使用高溫蒸氣機於消毒店家內外所有環境，有關送餐及結帳部分，可能接觸的工作人員均有戴口罩。
市府已請這2處共9位工作人員自主健康管理，台南市政府也提醒南紡購物中心及享溫馨KTV在19日晚間加強消毒，落實商場各環節的清潔，曾在上述時間和地點造訪民眾請自主健康管理14天，若有相關疑似症狀，請盡速撥打06-2880180，將由專人妥為安排就醫。
在屏東縣部分，有4人確診：
4名個案皆於4月15日下船，第1例於當日自行騎車返家1小時即又返回軍艦未有社區活動史。
第2例經疫調顯示，曾出入的公共場所為，4月16日下午5時30分至晚間7時及17日下午3時50分至5時30分到屏東市國民運動中心；17日下午5時30分至晚間7時到長治鄉玄天上帝廟附近球場，其他地點皆短暫且有戴口罩。
第3例4月16日下午至屏東大學找朋友，17日至屏東大學接朋友於環球影城食用晚餐即返家未出。
第4例4月16日上午10時至下午2時曾到潮州健身工廠運動，同日即全程戴口罩搭乘火車及高鐵前往其他縣市，衛生局已初步匡列掌握27位接觸者進行居家隔離及自主健康管理，並進行相關衛教及環境清消，相關館場20日封館消毒。
