總統府秘書長陳菊為九合一選舉失利一事，向總統蔡英文請辭。據親近陳菊人士指出，陳菊24日晚間已請幕僚打包辦公室與台北住處，辭意甚堅。對此，總統府發言人黃重諺今（26）日表示，蔡英文昨（25）日邀集陳菊懇談再三慰留，陳已決定留任。
總統府發言人黃重諺表示，蔡英文考量國家政局穩定與各項重大政策的持續推動，在昨晚邀集陳菊懇談並再三慰留，陳菊也已決定留任，全力襄助蔡英文。
黃重諺指出，陳菊對於這次地方選舉失利，特別是民進黨未能於高雄市繼續執政感到相當自責，並在第一時間向蔡英文辭任秘書長一職。
然而，蔡英文認為，過去20年，從謝長廷到陳菊在任的12個年頭，高雄的蛻變與發展有目共睹，現在市民選擇改變，選擇用更嚴格的標準來要求執政團隊，執政黨應該虛心接受，並且同樣以最高標準來自我策進。
蔡英文主張，就在這個國家革新前進的關鍵期間，執政團隊的切實檢討與穩健推進非常重要，因此希望陳菊能夠繼續與團隊並肩作戰，協助帶領執政團隊，在最短時間內凝聚最大的革新銳意，把各項工作做到最好，以回應國民的期待。
陳菊在與蔡英文的會商後，也決定接受慰留，與團隊共同承擔、共同努力。
