台灣為加入TPP是否同意開放含「萊克多巴安」美豬進口議題，藍綠正掀起激烈的攻防戰，但是對於同樣會影響到台灣加入TPP的諸多漁業問題卻乏人關注，儘管藍綠總統候選人雖提出洋洋灑灑的海洋政見，卻不曾提及如何因應加入TPP需克服的漁業難題和對漁業可能產生的衝擊，讓人為台灣是否能在短期內順利加入TPP感到悲觀。
根據TPP在環境議題上規定締約方需同意採行永續的漁業管理，以保育重要的海洋物種(如鯊魚)，禁止危害最大的漁業補貼，並制止非法、不報告或不管制（IUU）捕魚。而台灣目前的漁業現況卻與上述的規定背道而馳包括：1.為支持海洋保育我國政府雖然規定漁船捕鯊需「鰭不離身」，卻未能嚴格管控。去年還發生屏東籍漁船「順得慶888號」在公海上濫捕鯊魚（內含禁捕的黑鯊）嚴重影響台灣國際形象，卻只扣照8個月以及15萬元罰鍰，遭國際保育團體嚴厲批評；2.目前台灣仍實施大量的漁船用油補貼（油價浮動補貼14％，每年補助經費達20多億台幣，佔漁業署半數預算）不僅造成國庫財政龐大負擔，也扭曲漁撈成本結構與資源有效分配，阻礙老舊低效率漁家的退出，加速過漁問題惡化；3.台灣因長期忽視非法捕撈行為（包括違規、造假、鑽漏洞等），遭歐盟執委會（European Commission）祭出黃牌警告，若無法在今年三月前改善，恐遭歐盟施以經濟制裁禁止臺灣水產品輸入歐盟諸國，能否解除危機還在未竟之天；4.台灣每年編列龐大經費從事海洋漁業保護工作包括：劃定海洋保護區、投放人工漁礁，實施人工魚苗放流等，然而根據最近中研院研究團隊調查指出，由於受到缺乏有效管理、過度捕撈、各類汙染、棲地遭破壞、氣候變遷等影響，30年來北海岸魚種從120種銳減至30種，魚源枯竭速度超乎預期，不設法改善台灣恐將成為無魚島。這些都會是台灣加入TPP的重大阻礙，三位總統候選人都提到加入TPP的重要性卻對上述問題視而不見，讓加入TPP成為口號。
事實上加入TPP也會給國內漁業帶來衝擊包括：大幅降低進口關稅讓國外具低成本優勢水產品搶占國內市場、造成國內漁產品價格低迷影響漁民生計、取消漁業補貼造成漁撈作業成本大幅提高、漁業經營日益困難漁船數減少增加失業率等；日本政府估算加入TPP會讓該國水產品生產額減少約4,200億日圓，其中國產的紫菜、海帶、鮭魚、鰹魚、鲔魚、鳗魚、沙丁魚、鰺魚、扇貝等受到的衝擊最大。
而台灣政府在因應加入TPP對策上老是想撿現成直接「移植」日本做法，問題是日本加入TPP對水產衝擊較我國小，為此我國政府需更加用心依照我國漁業特性暨全球國際漁業消費趨勢，邀集相關學者專家和漁民團體共同研商對策。除了設法緩解對水產品造成的負面衝擊（包括取消漁業補貼、調降關稅）外，更應該積極透過TPP會員國全面調降水產關稅的機會，給部分具競爭優勢的魚種（如鯖魚、魷魚、鮪魚、石斑等）和加工業帶來更大的出口商機。
