連續質疑馬偕醫院設立公司與新竹兒童醫院BOT案違反章程涉及背信，但反遭馬偕醫院董事長劉伯恩提告，台灣百合正義會今（21）日再出招，該會許姓代表與律師劉力維下午前往台北地檢署控告劉伯恩等人加重誹謗罪。至於雙方數度交鋒，爭議不斷，台灣基督長老教會總會目前尚未就此正式對外表態，馬偕醫院則發出聲明強調「不實指控」，必循法律途徑維護權益。
馬偕醫療財團法人董事長劉伯恩、馬偕醫院總院長施壽全、馬偕醫院新竹院區之院長蘇聰賢；馬偕醫療財團法人之董事及董事會工程小組之召集人郭張麗鳳等人上週三（13日）舉行記者會，在多家媒體發佈聲明，並同時於馬偕醫院全球資訊網張貼聲明，指控該會「與財團勾結為其護航及為某董事爭取續任而濫行提起不實告發」，對此台灣百合正義會今日提告反擊。
台灣百合正義會表示，劉伯恩等明知台灣百合正義會基於公益目的而對其提起刑事告發，「告發皆為事實並有證據，並非為替某財團進行勾結護航，或替某董事爭取續任董事，卻惡意向新聞媒體散佈不實言論，企圖打擊本會之公信力且嚴重毀損本會之名譽，而涉犯刑法第310條第2項加重誹謗罪」。
馬偕醫院今日上午舉行臨時董事會，據透露，會中討論事項與院長屆退年齡修正等事宜。根據馬偕基金主要管理人、台灣長老教會總會今年11月21日上午舉行的常置委員會決議，「總會屬下機構首長年之通例，不得超過六十五歲，且由總會任命之」，總會要求董事會應修改增加「院長不得超過六十五歲，任期中年滿六十五歲時，得延至任期屆滿為止」，並建議第17屆馬偕董事之任期於第63屆總會通常年會止（預計2018年）。
根據長老教會總會資料，總會副議長薛伯讚牧師在11月21日的會議中表示，「9月21日已在（馬偕）董事會提出總會關心馬偕的三件事：（一）成立公司、（二）主管年齡上限65歲改為70歲，以及（三）本屆董事任期屆滿的日期」。顯示總會對於馬偕事件早已關心。
此外，據透露，針對馬偕董事會設立「馬偕生物股份有限公司」、「馬偕管理顧問有限公司」以及「馬偕真理股份有限公司」等三家公司可能牴觸馬偕章程，薛伯讚當時也在會中報告指出，「10月19日參加馬偕醫療財團法人董事會，會中多位董事表示，馬偕醫院設立公司事宜，均不清楚，也認為設立公司不應使用報告來通過」。
11月2日中午，總會「馬偕醫療財團法人關懷小組」舉行第一次會議，請馬偕董事會提出決議三家公司設立文件、流程、資金來源、會計師費用支付明細等資料，以及設立三家公司與衛福部間往來公文及附件，並要求在11月10日前函復總會，總會顧問律師則建議組「獨立調查小組」，上月21日召開的第四次會議也通過決議成立調查小組，並由助理總幹事陳義明牧師負責。
熟知內情人士表示，儘管教會已著手調查，「但可能有政治力介入」，目前狀況並不明朗，而長老教會總會則尚未就相關風波對外公開說明。而教會在之前的董事會也曾派出三位牧師、長執幹部前往董事會現場列席「關切」，使得原本延退至70歲的提案未能順利闖關，使得馬偕董事會與「反劉派」人馬角力至今。
至於馬偕方面，對於今日百合會再度提告也再度發出聲明，「醫療財團法人一切運作都依據章程及相關法令，今日又有某團體提出指控本法人及醫院人員，其與事實完全不符，因本案一切已進入司法程序，對於該團體之不實指控，相關人員因公遭受寃枉，必循法律途徑維護權益」！
