由網路學界同儕論文審議平台PubPeer踢爆而引燃的台大論文造假案，其實被燒到的不只有台大自己人，在頭頸部癌症研究為學界翹楚的陽明大學臨床醫學研究所教授、也是台北榮民總醫院腫瘤醫學部醫師楊慕華，此次在PubPeer匿名檢舉事件中，有4篇論文與台大造假案中遭解聘的前口腔生物科學研究所教授張正琪共同發表，也遭科技部調查。
楊慕華是國內少數兼及臨床與研究的「醫師科學家」（M.D. Ph.D. Physician Scientist），2007 、2010、 2012 年共有三篇論文在國際細胞生物學領域頂級的《自然：細胞生物學》（Nature Cell Biology）期刊發表，為國內該領域第一人，其研究解開頭頸癌細胞轉移基因的特性、對用藥策略及檢查方式有顯著頁獻。他接受《科學月刊》總編輯蔡孟利專訪，揭露這一段個人學術生涯最巨大的考驗與低潮。
蔡孟利表示，「在PubPeer事件後，我一直持續觀察被糾舉有造假疑慮的論文，楊教授是很棒的學者，看到他也被『抓』出來，我很驚訝。」因而連繫楊進行訪談。
《民報》率先取得這篇「該是重新出發的時候了！渡過PubPeer風暴」楊慕華專訪內容，整理楊慕華捲入這場學術風暴，如何勇敢面對、重新做實驗，以科學最原始的實證精神提出對研究最有力的「證據」的過程。
和張正琪合作4篇論文 遭舉報調查
楊慕華表示，因為他是做口腔癌的，臺灣做口腔癌基礎研究的人不多，在2006還2007年的一個亞太口腔腫瘤學會認識張正琪，「因為年紀上算是同一輩的，溝通上比較容易沒有輩份上的問題，所以就有了些合作的提議。」
而且因為2007的時候，他自己剛有實驗室，但非常小，張正琪那時也是剛有實驗室，稍大一點，資源比較豐富一點，「那個時候有一點算是合作實驗室，有她的學生來我這邊做，但我沒有學生去她那邊，因為她的學生比較多，我的學生一開始很少，所以就是她的學生在我這邊訓練，也做合作的題目。」
楊慕華坦言，這件事情對自己負面的能量非常非常大，有段時間非常非常的沮喪、心情很低落，常常會想說當醫生就好了、不要做研究了。但他後來覺得必須對他的學生負責，另一方面還是覺得割捨不下對研究工作的熱情，差不多沮喪了一個月後，覺得應該「面對」，然後想出應該做那幾個層次的回應,，包括以原始資料勘誤、重複驗證實驗等。
勘誤還不夠、所有實驗重做3次
楊慕華至今已完成2篇論文的勘誤。他先找到原始資料，把所有的電腦資料調出來、所有的記錄本翻出來找，加上他有個習慣「只要當通訊作者的論文，一定都是自己完成線上投稿程序的，不會假手他人」，所以找到得資料。投稿過程常見的原始上傳檔案用JPEG或是TIF解析度很高的格式，在PDF壓縮過程就會遺失些細節，就用當時上傳時的原始資料去證明。
他也坦承，有些質疑是真的論文出現錯誤，那他就去追究錯誤是怎麼發生的？譬如說做了六組，有一組放錯了，就回去那個組的原始資料裡面找，確認那只是真的把圖片放錯而已，就寫信給期刊勘誤，然後把勘誤來往的信件留著。
更重要的是，楊慕華認為，「一個負責任的科學工作者，不能只是勘誤就了事！」必須要重複你的實驗，他被質疑的東西，雖然大部分都沒有錯，可是他重做、重複了3次！「我的實驗室有幾個月都沒有任何新的進度，全力把所有被質疑的地方的實驗都重複3次！」
所以他接到科技部去函表示，有人檢舉他論文有問題，其實就是PubPeer上檢舉的他與張正琪合作那4篇。他也立即像在回覆PubPeer的質疑那樣，把原始數據全部貼出來，「我告訴質疑者哪一些是他看錯的，哪一些是我有錯的。我有錯的就勘誤，但我可以把我勘誤的來回信件都給你看。再來是我重做3次的實驗結果也都貼給你看。」因此，無論是科技部的書面調查及陽明大學內部的詢問，對楊慕華提出的證據與證明，都沒有異議，未以造假案處理。
什麼才是真正為年輕人好？
相較於，台大假論文案第一篇在PubPeer上被踢爆的是2006年發表於《 Cancer Cell》這本癌症研究學門中的頂級期刊，校長楊泮池曾回應：「假如是可以勘誤的話，它(期刊)就容許他同意他讓他勘誤，那勘誤就是這篇文章因為勘誤就OK了。」但該篇論文之後被教育部、科技部認定為造假論文，且認為2008論文大量勘誤時任台大醫學院院長又身兼第二作者的楊泮池，有「應注意而未注意」的督導不周責任；楊隨後發表的聲明卻指， 2008年發現勘誤之處很多，通訊作者郭明良表示是因為負責實驗操作的第一作者蘇振良做事不嚴謹，他「覺得要給年輕人改進的機會而未追究。」
楊慕華為年輕學生做的示範、為台灣生醫界盡的力，卻是這樣：
「我一定要努力，我要告訴人家不是臺灣做生醫的都是假的。我要好好的做，要告訴人家我們可以做得很好、也嚴謹。人都會有疏失的時候，但出現了疏失我會面對，我會盡我自己所有的力量，以證據去告訴人家說我這個地方已經澄清了。我要告訴人家，我們正正當當的做也可以投到頂尖的期刊，而且我不是為了追求高影響因子，而是要告訴人家我們臺灣的生醫對於世界上的生物醫學研究是可以做出真正的貢獻。」
身為一個醫師科學家，他本來很滿意自己的工作，卻變成一種恥辱，變成一種很丟臉的身分。於是他想，自己能夠為台灣的學術界多做什麼？後來決定，就是往前走，要讓大家覺得，在這個事件之後的臺灣的生醫研究還是可以繼續做的。我們的研究不是不可以被質疑，被質疑了，就用證據澄清。
照著世界正常規則 不會被抛棄
在台大論文造假案件中主要被調查的諸人，沒有一位主動以原始數據或是重現其實驗的方式，公開其勘誤的過程來證明他們的清白，謹守科學本分的研究工作者成為最大受害者。楊慕華是唯一一位公開被指控有問題的圖表之原始實驗數據，甚至為昭公信重做實驗結果的當事人。
蔡孟利認為，「找出原始數據、重做實驗驗證，這種最負責任的澄清法，是個新標竿。那些在檯面辯稱自己沒造假的人，現在有個模範可依循。喊冤的話，就照這樣做吧。」
楊慕華也透露，在12月、1月事情鬧得最嚴重的時候，他還有論文在PubPeer上面的時候，有2篇論文，一篇投到《Nature Cell Biology》，一篇投到《Cancer Cell》，剛好都是此次問題焦點的期刊，但都進入revise（論文修訂），《Nature Cell Biology》編輯還請他審閱他們期刊的稿件。「所以我相信，今天你個人如果處事審慎，有累積的口碑，雖然大環境的氛圍不佳，這個世界還是會給我們機會。我們就照著世界正常運作的規則走，就不會因為你的國家發生這些問題而被拋棄。」
