新政府農業施政目標要讓農業成為賺錢產業讓農民相當期待。事實上在國民黨執政時代也一直鼓勵農業要企業化，要引進企業讓農業生產與行銷更有效率，也確實看到一些由企業經營農業相當賺錢的成功案例，但有些農企業收入達上百萬甚至千萬也請領政府補助，卻不用繳稅顯然不符合賦稅公平原則引發非議。
一直以來政府考量到自耕農收入微薄且務農兼具糧食安全、穩定物價、生態維護等具公益性質，因此農業並不需要申報個人綜合所得稅也不用繳稅，由於資料缺乏造成政府部門以及學術機構在進行農家所得分析、產業結構調整、規畫性生產、農業保險、水土資源合理分配、補貼效益等政策制定時失去精準度，讓農業產銷失衡成為常態；日本農民不一定要繳稅卻需報稅，讓日本政府能掌握農民所得作為政策擬定的重要參考；美國每年約有四分之一的農場主屬於「資源有限農場」而免繳所得稅，還有一半的人只需按15%的最低稅率繳稅，只有5%的大農場主需要按較高稅率納稅；德國、挪威、盧森堡等國則對農業施行明顯低於基本稅率的特別稅；澳洲政府為增加稅收計畫將原只有在每年收入所得超1.82萬元時才需繳稅，且稅率僅為19%，提高為每賺1元收入都將被徵收32.5分的稅款(32.5%稅率)引發農場主大反彈。近年來國內隨著經營規模擴大（也出現動輒上百公頃的農場、農企業）、生產設備現代化、生產技術提升、產品品質及產量大幅增加，農業收入從數萬元到上千萬元，農業間收入差距擴大不亞於城鄉貧富之差距，再加上農地大幅增值，若一概視為自耕農而不需要繳稅並不合理，因此應該重新考慮農民報稅但不一定都課稅的做法兼顧產業輔導以及賦稅公平性。
日前有民間牧場因年營業額上億，淨利千萬，聘僱員工40多人，經最高行政法院判定有營利目的，須繳「營利事業所得稅」，該判決具指標性意義。既然新政府要讓農業成為賺錢產業也鼓勵朝農企業經營，就不要迴避後續可能衍生的問題包括：補貼落入大戶口袋、收入上千萬不用繳稅等，應該責成農業部門、財稅部門邀請學者專家、公益團體等對於自耕農、農企業做出清楚定義與區隔並對何種規模需要課稅，何種規模不需要課稅做出明確界定，不宜用初級農產品做界定易生爭端，以免造成農業政策推動上的矛盾與困擾。
農業要升級，所得要提高，都是未來施政的重點項目，在面對農業轉型朝企業化發展的同時，如何重新界定小農及農企業並實施農業申報及針對中、大型農企業合理課稅讓農業不再被視為弱勢產業，進而提高農民尊嚴與社會地位，也應該及早做政策規畫與農民和社會做充分溝通，讓農村及農業展現新風貌。不知強調公平正義的新政府對農企業課稅主張為何？
