中華民國有很多法律含有「主管機關」的條文，例如：
人民團體法 第3條：本法所稱主管機關，在中央及省為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。但其目的事業應受各該事業主管機關之指導、監督。
農會法 第3條：農會之主管機關：在中央為行政院農業委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。但其目的事業應受各該事業之主管機關指導、監督。
合作社法 第2條之1：合作社之主管機關，在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
信用合作社法 第5條：本法稱主管機關，在中央為財政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
銀行法 第19條：本法之主管機關為行政院金融監督管理委員會。
這些行政機關到底管什麼？管各該法律的條文，或管所規定的事項，或管所述及之組織？對此法律條文並沒有交代，所以造成這些行政機關什麼都可以「管」，也可以什麼都不知道「管」。 因此到目前為止，沒有一位主管機關的官員對農會、信用合作社，或銀行所發生的弊案需要負責！
在民主法治的社會，行政機關是負責執行法律的機關，而不是法律的主管機關。中華民國憲法第108條也只規定：銀行制度、合作事業、二省以上之水利河道及農牧事業等事項，由中央立法並執行，或交由省縣執行之，並沒有提到什麼「主管機關」。因此，立法院應廢除所有法律的「主管機關」，改用「執行機關」，以落實行政機關應執行法律的職責。
